Весной 1371 года, во время поездки Димитрия Иоанновича Московского в Золотую Орду, прибыли в Москву литовские послы Ольгерда и обручили с Владимиром Андреевичем Серпуховским Ольгердову дочь Елену, а зимой 1372 года совершилась их свадьба. Казалось, уж теперь-то должен был установиться мир на Московской земле. Однако, в лето 1373 года сестра Михаила Тверского еще раз уговорила своего мужа Ольгерда заступиться за брата, несмотря на родство последнего с Московским великом князем, тем более, что выданная за Владимира Андреевича Елена была дочь Ольгерда от первого брака. Ольгерд пошел с войском на Москву.
На этот раз москвичи не допустили литовцев к Москве. Обе рати встретились под Калугой, но битвы не произошло.
«Как сияющу уступает тьма, так и свет исповеди истребляет помыслы страстей, так как они – тьма» (Феолипт Филадельф. Добротолюбие. Т. 5. С. 188). Как одного лучика солнечного иногда бывает достаточно, чтобы разогнать непроглядную тьму, рассеять тяжелый мрак душевный, так нежного слова княгини Евдокии, преподнесенного своему доброму супругу великому князю Димитрию в точно выбранный момент, хватило, чтобы предотвратить ратную схватку дружины Московской с литовским войском Ольгерда. Великие князья Московский и Литовский заключили перемирие.
Митрополит Алексий, помогая Димитрию удерживать великокняжеское достоинство, своей духовной властью заставлял удельных князей повиноваться великому князю, предавая церковному отлучению тех, которые заключали союз с Литвой во вред Москве. Обстоятельства времени и архипастырская ревность святителя Алексия вызвали его на многотрудные подвиги.
Он ознаменовал свое служение обширной государственной деятельностью, при которой раздробленная Русь объединялась под властью Московского князя.
Не оставляя обычных патриарших обязанностей, митрополит заботился о построении церквей, монастырей, учил народ истинам веры и нравственности. В окружном послании ко всей пастве святитель Алексий, указав на свою обязанность учить паству, предложил наставления о взаимной любви по слову Божию, о страхе Божием, о нравом суде, об уважении к пастырям церкви, о покаянии и милостыне, о хождении в церковь, о важности церковной молитвы. Святитель убеждал пастырей Церкви учить духовных своих детей нормам нравственной жизни, и особенно он восставал против пьянства в семьях.
В первые годы святительства, литовский князь Ольгерд причинял святителю Алексию неприятности из-за того, что святитель не позволял Ольгерду вторгаться в пределы митрополии. (Ольгерд, враждуя против митрополита Алексия, выждал момент, когда святитель, по возвращении из Царьграда от патриарха, посетил Киев. Ольгерд обманом пленил всех спутников митрополита, ограбил их, а самого святителя Алексия заключил под стражу, намереваясь убить. Но святителю Алексию помогли уйти тайно.) Эти отношения пришлось выносить на суд Константинопольского патриарха. Вернувшись из столь долгого и трудного путешествия, святитель Алексий должен был предпринять путь в Орду по вызову хана Чанибека.