Иннокентий считал, что папская власть выше всего в мире. В его представлении короли и императоры должны быть ей подчинены, а отношение между духовной и светской властью подобно отношению между солнцем и луной, где власть принадлежит солнцу – папе. Иннокентий III утверждал, что «во главе каждой отдельной страны стоят короли, но над каждой из них восседает на троне Святой Петр и его наместник – папа, который, будучи сюзереном, жалует императорство».
Следуя политическому курсу предшественников, Иннокентий III строил планы мирового господства католической церкви. Ему было ясно, что сделать это возможно только тогда, когда он станет абсолютным властителем в Риме, Папской области[16], а затем и во вселенской церкви.
Начал папа с реформирования своего двора. В Ватикане была создана четкая бюрократическая система. Одновременно новый глава римско-католической церкви начал добиваться от правителей разного ранга принятия ленной присяги на вассальное подчинение Риму. Вассальную клятву принесли все аристократические семейства Папской области. Заупрямившегося префекта, представителя Священной Римской империи, Иннокентий вынудил сложить с себя обязанности. Восстановлен в должности он был только тогда, когда вручил папе подписанный текст ленной присяги. Избранного римлянами сенатора Иннокентий тоже заставил подать в отставку. На его место был пристроен «свой человек», согласившийся стать вассалом римского престола.
Для усиления римского господства папа использовал все важные международные события. В это время власть императора Священной Римской империи начала приходить в упадок. После смерти в 1197 г. Генриха VI знать Германии при выборе императора разделилась. Одни поддерживали Филиппа Гогенштауфена, другие – герцога Браунгшвейского Оттона. Иннокентий стоял за Оттона, но победу одержал Филипп. Папа отказался короновать неугодного кандидата, а на упреки князей ответил: «Вы согласны с тем, что папа коронует императора? А если нам принадлежит такое право, то вы должны понять, что мы можем по всей справедливости иметь свой взгляд на избираемого». Начались длительные препирательства, закончившиеся в 1208 г. со смертью Филиппа, убитого баварским графом.
Оттон остался без соперника. Он женился на сестре Филиппа, Беатрисе, и этим увеличил число своих сторонников. Иннокентий был очень доволен и короновал нового избранника. Новому императору Оттону IV он писал: «Двоим нам вручено теперь управление над всей вселенной. Если мы будем жить в согласии, если мы соединимся, чтобы делать добро, тогда сбудутся слова пророка: “Солнце и луна придут в свой порядок, все кривое будет прямым, все неровное сгладится”».