Остальные дети тоже принесли Александру нужные связи и рычаги влияния. Жофре женился на внучке неаполитанского короля. Самый младший, Джованни, стал герцогом Гандийским и сочетался браком с двоюродной сестрой Фердинанда IX Кастильского.
Но самые большие надежды Александр VI возлагал на Чезаре. Недаром уже в 1493 г. сделал его одним из 47 папских кардиналов. Дело в том, что папа лелеял мечту о создании крупного наследного королевства в центре Италии, то есть фактически хотел превратить римскую церковь в светское государство, а реальным претендентом на престол считал именно Чезаре. Этот молодой человек, которого историография считает «виртуозом преступлений», вдохновивший Макиавелли на создание печально известного труда «Государь», по словам известного венгерского ученого Е. Гергея, «смотрел на политику с позиций полной нравственной вседозволенности». Но речь не о нем. Важно то, что Чезаре было у кого учиться.
Папа Александр VI начал свою деятельность, подобно многим из своих предшественников, с укрепления собственной власти в папском государстве. Самые влиятельные из родов – Орсини, Колонна, Вителли, Малатеста и другие – были изгнаны либо сломлены. Кроме того, папа реорганизовал римский гарнизон и создал довольно сильную папскую армию, состоящую из наемных солдат. Оказалось, что эта мера была совсем не лишней.
В этот период Италия не была единой. Она состояла из небольших городов-государств и своей раздробленностью привлекала внимание сильных соседей. 2 сентября 1494 г. армия французского короля Карла VIII перевалила через Альпы, вскоре захватила Флоренцию и начала угрожать Риму и лично папе.
На стороне Карла выступал давний политический соперник папы, кардинал Делла Ровере. Воспользовавшись тем, что Александр открыто торговал церковными должностями, кардинал угрожал созывом коллегии кардиналов, чтобы сместить его с папского престола. А король направил Александру требование дать проход его войску в Неаполь. Оттуда он якобы хотел двинуться на турков, чтобы освободить Святую землю. При этом позиции Карла были очень сильны благодаря разразившемуся скандалу. Стало известно, что глава католиков вел переговоры с турецким султаном Баязидом II о совместном выступлении против французов. Более того, в ответном письме султан предлагал папе за 300 тыс. дукатов убить своего брата принца Джемаля, который находился в плену в Риме. Деньги должны были выплатить только после предъявления трупа.
Европа была потрясена этим известием. Но папу столь порочащая его ситуация заботила мало. Он начал готовиться к осаде Вечного города: приказал получше спрятать сокровища Святого престола, восстановил крепостные валы, укрепил стены замка Святого Ангела и Ватикана, устроил пять больших хранилищ зерна и масла. И все же Александр не мог не понимать, что эти приготовления не помогут избежать поражения при осаде. Поэтому когда Карл предложил условия его вступления в Рим, папа принял их.