В 1930 г. Эриха по решению руководства КПГ направили для учебы на курсы Коминтерна в Москву. За год, проведенный в СССР, он много узнал. Учился Эрих в одной группе с молодыми коммунистами из Польши и Чехословакии, работал сварщиком на московском электрозаводе, участвовал в субботниках, а затем в составе интербригады был отправлен на строительство Магнитогорского металлургического комбината – одного из главных объектов первой советской пятилетки. По пути следования туда интербригадовцев возили в деревни, чтобы показать, как шла борьба с кулаками и коллективизация.
По возвращении в Германию Эрих работал секретарем Саарского окружкома КСМГ, а в 1934 г. был избран членом ЦК этой организации. Поскольку в это время власть в стране захватили нацисты, Хонеккер перешел на нелегальное положение, руководя подпольной работой в Берлинском округе, Гессене, Бадене, Вюртемберге, Пфальце. В декабре 1935 г. гестапо арестовало почти все руководство КСМГ, включая и его. Интересно, что в сохранившихся документах гестапо отображена довольно неблаговидная роль Хонеккера в провале группы, а также в ходе всего расследования. Полтора года длилось следствие. Затем он был приговорен к 10 годам каторжной тюрьмы. Его отец дважды, в 1939 и 1943 гг., подавал прошения о помиловании сына, но оба раза получал отказ, хотя тюремное начальство и отмечало, что «узник ведет себя хорошо и работает прилежно». В 1943 г. Эриха включили в рабочую бригаду, трудившуюся на стройках и расчистке развалин в Берлине. 6 марта 1945 г. он совершил побег, что очень повредило подготовке в тюрьме восстания. Прятался он в квартире Лотты Грунд, надзирательницы женской тюрьмы, на которой в конце войны женился, скрыв факты биографии жены от руководства партии. Правда, в тюрьму ему пришлось вернуться. Но уже 27 апреля 1945 г. его освободили.
После освобождения Хоннекер вновь включился в политическую и организационную работу КПГ. По поручению В. Ульбрихта Хонеккер в 1946 г. возглавил Союз свободной немецкой молодежи и руководил им 10 лет. В 1958 г. он стал членом Политбюро и секретарем ЦК СЕПГ.
Как секретарь ЦК по вопросам безопасности, по указанию В. Ульбрихта Хонеккер с 1961 г. руководил созданием Берлинской стены. В ночь на 13 августа военнослужащие, полиция и рабочие дружины перегородили колючей проволокой 193 улицы, 8 трамвайных путей и 4 линии метро. В приближенных к границе местах были заварены водопроводные и газовые трубы, перерезаны электрические и телефонные кабели. Стена пролегла через площади, мосты, бульвары, кладбища, пустыри, парки, пруды. Берлин оказался разрубленным на две части. Стену доводили до совершенства еще 10 лет. Сначала ее построили из камня, а потом стали заменять железобетонной. Хонеккер не уставал повторять: «Стена простоит еще 50 и 100 лет – пока не будут устранены причины, обусловившие ее возведение».