Проходили недели, в Токио нарастало нетерпение. Только в феврале министр иностранных дел смог доложить императору обстоятельства этого дела. Ответная нота России носила, по всей видимости, такое содержание, что Япония посчитала себя вправе взяться за оружие, и в ночь на 9 февраля 1904 года, без объявления войны, японские корабли блокировали русскую эскадру в Порт-Артуре. Теперь японские войска и снаряжение могли беспрепятственно транспортироваться морем из Кореи в Маньчжурию, а русские войска там были слишком слабыми, чтобы угрожать этому прочному мосту.
События в Порт-Артуре полностью выключили из игры русский тихоокеанский флот. Флагманский корабль адмирала Макарова «Петропавловск» напоролся на мину и унёс с собой в пучину самого одарённого российского флотоводца, а вместе с ним почти тысячу матросов. Одним из оставшихся в живых был двоюродный брат царя Великий князь Кирилл. Его удивительное спасение, по общему мнению, было промыслом высших сил, которые якобы избрали Великого князя для выполнения особого предназначения в Российском государстве.
Хотя поражение в Порт-Артуре и вызвало большую горечь у всех слоёв населения, тем не менее, народные массы были настроены воодушевлённо и патриотические настроения нисколько не убавились.
Следует отметить, что генеральный штаб России, как потом выяснилось, недооценил военную мощь Японии и характер японского народа. Так, за несколько лет до начала войны военный атташе России в Японии отмечал в своих рапортах, что «пройдёт не одно столетие, прежде чем японская армия достигнет такого морального фундамента, на котором базируется европейская армейская организация, и сможет оказаться на уровне самой слабой европейской армии».
Прошло не так много времени, и российское правительство осознало: события на Дальнем Востоке начинают обретать угрожающий характер. Стало ясно, что на театре военных действий, находящемся на расстоянии восьми тысяч километров от столицы, нет той армии, которая требовалась бы для осуществления задуманной внешней политики. Теперь в Маньчжурию необходимо было перебрасывать войска и снаряжение по одной-единственной железной дороге — с технической точки зрения весьма слабой. Ко всему прочему, эта железная дорога прерывалась озером Байкал. В летнее время его приходилось пересекать на судах, что было совсем не простой задачей, так как ширина озера достигала пятидесяти километров, а погрузка и разгрузка занимали очень много времени. Зимой поезда могли идти по колее, проложенной прямо по льду. В самом конце войны железнодорожный путь в обход Байкала всё же был построен.