Продвинуть программу, однако, не удалось. Дума склонилась к тому, чтобы все средства, могущие быть выкроенными для обороны, отдать армии - не флоту. Решение можно понять. При ограниченности возможностей приходилось выбирать. Армия была раздета и плохо вооружена. Армия и флот соперничали в борьбе за ассигнования. Концепция совместного развития и взаимодействия сухопутных и морских сил отсутствовала. При традиционно сухопутном характере русской стратегии приоритетная помощь армии выглядела более весомо. Наконец, не было доверия к Морскому ведомству, где по-прежнему царили бюрократизм и рутина. Офицеры МГШ производили свежее впечатление, но высшие чины в большинстве своем относились свысока к этим "младотуркам", как они именовали реформаторов. Возникало опасение: если выделить флоту средства, не уйдут ли они на кормление береговых и тыловых бюрократических структур?
"Весною 1908 года Колчак проиграл бой в Государственной Думе. Но он сделал свое дело. Он внес горячую свежую струю в ведомство, его мысли стали достоянием многих, его знания просветили среду его сослуживцев и внесли определенность и ясность в вопрос реорганизации флота"20.
Была в Морском ведомстве структура, при всех переменах остающаяся на высоте, - Главное гидрографическое управление, во главе с А.С. Вилькицким. В 1907-1908 гг. там готовилась комплексная морская экспедиция, получившая, по ведомственной принадлежности, довольно скромное название - Гидрографическая экспедиция Северного Ледовитого океана (ГЭ СЛО). Задача ГЭ СЛО заключалась в изучении северных и северо-восточных морей с целью освоения Северного морского пути: потребность в нем остро ощущалась после Цусимы. По предложению Вилькицкого Колчак разработал один из проектов этой экспедиции и в начале 1907 г. участвовал в заседаниях Совещания по вопросу об открытии Северного морского пути. Выработка общего плана и программы ГЭ СЛО и выбор типа судов для нее (два дублирующих друг друга стальных судна, рассчитанных более на сжатие, чем на продвижение во льдах) осуществлялись при самом активном, а подчас и решающем участии Колчака. Ледокольные транспорты большого радиуса действия "Вайгач" и "Таймыр" строились на Невском судостроительном заводе в 1908-1909 гг., наблюдающими за их постройкой были Колчак и его товарищ по РПЭ Ф.А. Матисен. Проектирование ГЭ СЛО, инженерные разработки, поездки на заводы Колчак сначала совмещал с основной работой в МГШ. Когда военно-судостроительная программа, казалось, безнадежно увязла в бюрократической трясине, он попросил отчислить себя от МГШ (1908) и почти всецело отдался делу ГЭ СЛО (впрочем, участвовал в работе комиссии при МГШ по составлению нового свода боевых сигналов).