Еще до того как Джон совершил первое убийство, он уже значился в полицейских досье. Во время операции под кодовым названием "Олень" полиция внесла в компьютер всех известных в Британии сексуальных правонарушителей. В этом списке фигурировал и Даффи, только не как Джон Даффи, а как "насильник", т. к. именно изнасилование послужило поводом к проведению операции "Олень".
Через двадцать семь дней после пережитого волнения в суде Хендона и принятого им решения не рисковать Даффи загубил первую человеческую жизнь. 29 декабря 1985 года он пристал к Элйсон Дей, девятнадцатилетней блондинке, ехавшей поездом из Алминстера в Хакни Уик, но Даффи вынудил ее сойти раньше. Угрожая ножом и грязными ругательствами, он затащил Элйсон в гараж, изнасиловал и задушил с помощью "испанской лебедки". Потом, прикрепив к телу груз, выбросил труп в реку. Элйсон не могли найти семнадцать дней, и время сделало свое дело — все улики исчезли. Единственное, что нашла полиция, — это несколько волокон ткани от железнодорожной униформы.
Сотрудники Скотленд-Ярда не сразу связали этот случай с преступлением, зафиксированным в ходе операции "Олень". И хотя труп девушки был обнаружен в реке недалеко от железнодорожного полотна, против объединения этих двух дел в одно был очень веский аргумент: "насильник" прежде никогда не убивал. Тем не менее у обеих гругпт появилась догадка, что подозреваемый и убийца — одно и то же лицо.
В это же время была убита пятнадцатилетняя школьница Мартье Тамбезер. Мартье была дочерью богатого голландского промышленника, приехавшего в Англию. В тот день Мартье возвращалась домой на велосипеде по тропинке, идущей вдоль железной дороги. Даффи внезапно напал на нее, затащил на пустырь и, связав ей руки за спиной, изнасиловал, а затем задушил своей "испанской лебедкой". После этого сжег нижнюю часть ее тела, чтобы уничтожить следы спермы. Но, сам того не желая, он все же оставил улики: сломал девушке шейный позвонок ударом, которым владеют только люди, занимающиеся боевыми искусствами. Убийца оставил едва различимый след ноги рядом с трупом и кусок веревки шведского производства.
Затем произошло еще одно изнасилование. На этот раз жертвой стала четырнадцатилетняя девочка, чью жизнь Даффи пощадил. Ее показания во время суда никого не оставили равнодушным. Она все время плакала, ибо ужас, пережитый тогда, все еще не покидал ее.
Вот что она рассказала: "Я стояла на остановке, когда ко мне подошел человек в форме железнодорожника с накинутым капюшоном. Он приставил нож и потащил в кусты, пригрозив, что перережет горло, если я буду сопротивляться и кричать. Я не могла даже шевельнуться. Потом он обнял меня, словно мы были влюбленной парочкой, но нож все еще держал возле шеи. Я думала, что он вот-вот убьет меня.