Полиция провела обыск в его квартире и нашла одежду, в которой он напал на Мартье. Судебные эксперты исследовали волокна и установили их идентичность с уже имевшимися в их распоряжении. Они нашли также клубок шведской веревки, кусок которой он оставил возле тела Мартье, и ботинки. Подошвы соответствовали отпечатку на месте преступления. Изъяты были и другие предметы: видеокассеты с кровавыми сценами, "Справочник анархиста" — руководство по террору, порнографические журналы, ножи и тренажер, используемый для накачивания мускулов, столь необходимых ему в схватках с жертвами.
Даффи ничего не сказал на суде. Его глаза не мигая смотрели на судью, когда тот зачитывал перечень жутких преступлений. Он был признан виновным в двух изнасилованиях и двух убийствах.
26 февраля 1988 года был оглашен приговор: сорок лет тюремного заключения. Даффи повернулся и посмотрел на Джона Херста. Этот взгляд как будто говорил: "Вот видишь — всего лишь сорок лет. Нет проблем".
Но душу его разрывали страдания, правда, не потому что он убивал людей, отнимал жизни и разбивал семьи, а потому что было вдребезги разбито его собственное "я" и его преступления не стали сенсациями века. Пресса не баловала его своим вниманием. Находясь в тюрьме, Даффи хвастал перед сокамерниками, что имя его станет в один ряд с именами таких известных бандитов, как Джек Потрошитель, Черная Пантера, Иэн Бренди и Майра Хиндли. Особенно взбесило его, что в один день с ним начиналось судебное разбирательство по делу Кеннета Эрскина, стокуэльского душителя, который убил семерых престарелых людей во время сна. И этот процесс затмевал его дело.
После приговора, вынесенного Даффи, один из полицейских сказал: "Возможно, осознание того, что он не дьявол, что он не самый кровавый и ужасный из всех преступников (а ведь таковым он был в действительности), и является самым страшным наказанием для него. Ведь болезненное самомнение Даффи ставило его в один ряд с самыми отъявленными преступниками страны. Он мечтал о статусе "звезды" в созвездии убийц и очень переживал, что дело Эрскина вызвало больший резонанс, чем его, Джона Даффи. Охота за убийцей обошлась в три миллиона фунтов стерлингов и в тысячи человеко-часов. Но теперь, по крайней мере на сорок лет вперед, женщины избавлены от одного из самых жестоких насильников-убийц последнего времени — "убийцы с лазерным взглядом".