Все эти люди были «самоуки». Но они обладали уже достаточными знаниями греческого языка и хорошо разбирались в приемах работы с текстами русских церковных книг, чтобы увидеть, как много накопилось разночтений и ошибок по сравнению с греческими оригиналами. Понимая, что самим им сложно будет внести исправления в устоявшийся текст богослужебных книг, они попытались опереться на авторитет своего архимандрита, прославившегося в дни обороны Лавры и организации земских ополчений. В ноябре 1616 года по новому царскому указу исправление Потребника было поручено архимандриту Дионисию, Арсению Глухому и Ивану Наседке (библиотекарь Антоний заболел); разрешалось привлекать к работе и других грамотных старцев Троице-Сергиева монастыря. Впоследствии Дионисий скажет о своей работе так, как мог бы сказать только настоящий ученый: «Безо всякия хитрости сидели полтора года день и ночь». Зачинатель всего дела, Арсений Глухой, напротив, рассуждал как политик и, надо сказать, политик прозорливый, убеждая архимандрита Дионисия: «Откажи дело государю. Не сделати нам того дела в монастыре, без митрополичьего совета. А привезем книгу, исчерня, к Москве, и простым людям будет смутно».
Своей ученой работой архимандрит Дионисий невольно задел двух старцев: головщика Логина и уставщика Филарета. Их авторитет утверждался иначе, чем авторитет кроткого архимандрита Дионисия. Логин прославился среди монастырской братии сильным голосом и умением красиво читать тексты, иногда даже с искажением смысла; к любой критике окружающих, в том числе и монастырских властей, он относился с обычной агрессивностью невежества. В пользу Филарета свидетельствовал почтенный срок его пребывания в Троице-Сергиевом монастыре и сорокалетняя служба уставщиком. В смутные времена оба участвовали в издании книг, в том числе напечатанного в 1610 году Типикона, ошибки в котором и обнаружил архимандрит Дионисий.
В отсутствие патриарха духовную цензуру осуществлял крутицкий митрополит Иона. В 1618 году при участии матери царя, великой старицы инокини Марфы Ивановны, он организовал церковный суд для рассмотрения дела книжных справщиков. Обвинителями на нем выступили те же Логин и Филарет, которые лично были заинтересованы в том, чтобы опорочить ученую работу архимандрита Дионисия. Как всегда бывает в таких случаях, в дело шли любые аргументы, лишь бы достичь главной цели — обвинить врагов в еретичестве. Так, комиссия архимандрита Дионисия сделала рядовое исправление в молитве водоосвящения: во фразе из Потребника: «Прииди, Господи, и освяти воду сию духом своим святым и огнем!» были изъяты слова «и огнем». Это и стало предлогом для травли и последующего заточения правщиков: «Духа святого не исповедуют, яко огнь есть». Более того, был распущен нелепый слух, что в Московском государстве появились некие люди, которые хотят «огонь из мира вывести». Чему только не верили тогда москвичи, готовые дрекольем побить умствующего архимандрита! Дионисий же с христианским смирением воспринял обрушившиеся на него несправедливые обвинения: «Денег у меня нет, да и дать не за что; плохо чернецу, когда его расстричь велят, а достричь — то ему венец и радость. Сибирью и Соловками грозите мне: но я этому и рад, это мне и жизнь».