Моджахеды нападали на воинские подразделения при их выдвижении к району боевых действий, в район проведении операции, а чаще всего – при возвращении войск в пункты дислокации. Обычно нападение организовывалось на небольшие колонны и на колонны со слабым прикрытием и без воздушного прикрытия. Очень редко для выполнения задач по захвату воинских гарнизонов, крупных административных центров моджахеды объединялись в формирования численностью 1500–2000 человек.
Особое внимание моджахеды уделяли тактике действий из засад. Засады тщательно планировались, проводились группами от 10–15 до 100–150 человек и, как правило, устраивались на дорогах в целях уничтожения воинских колонн и колонн с гражданскими грузами. При выборе места засады умело использовался рельеф местности (ущелья, перевалы, карнизы над дорогой, галереи). Позиции оборудовались заблаговременно и скрытно на склонах гор или гребнях высот, на входе или выходе из ущелий, на вероятных местах отдыха.
Кроме перечисленных способов действий, моджахеды проводили внезапные нападения и обстреливали ракетноминометным огнем аэродромы, блокпосты, гарнизоны, проводили террористические акты против представителей власти. Как правило, прямых столкновений с превосходящими силами регулярных войск мятежники избегали.
Для размещения крупных банд и отрядов использовались долины рек, представляющие собой наиболее выгодные в тактическом отношении районы. Наличие прилегающих к долине ущелий позволяло моджахедам осуществить быстрое рассредоточение.
Каждое вооруженное формирование моджахедов контролировало обширный район зеленой или кишлачной зоны, прилегающей к крупному населенному пункту. В этом районе, в труднодоступном месте, создавался опорный базовый центр мятежников. Тут размещались склады оружия и боеприпасов, продовольствия и медикаментов, находился штаб района, лагерь моджахедов. Вокруг базового центра создавалась система охранения и оборонительная сеть. На угрожаемых направлениях устанавливались минные поля, дороги подготавливались к разрушению, организовывалось охранение (две-три линии) и создавались оборонительные рубежи с многоярусной системой огня.
Система охранения базовых центров включала наблюдательные посты и огневые точки, которые оборудовались на высотах и склонах гор вблизи дорог и троп и представляли собой окопы, пещеры, расщелины в скалах, укрытия из камня, рассчитанные на одного – пять человек. Наблюдатели имели средства сигнализации и радиостанции. Оборонительные рубежи представляли собой систему узлов сопротивления с многоярусной системой позиций для стрелкового, артиллерийского и зенитного оружия. Опорные пункты располагались, как правило, на господствующих высотах, склонах ущелий, в домах на окраинах кишлаков, крепостях и представляли собой огневые точки, расположенные между собой на огневой связи, соединенные ходами сообщений и предназначенные для круговой обороны. Опорные пункты были рассчитаны в среднем на 10–20 человек. В основном это окопы, выложенные из камней, и укрытия, расположенные на господствующих высотах и в ущельях. Огневые точки оборудовались для размещения в них одного-двух человек, на склонах гор в небольших окопах или выложенных из камня укрытиях, под карнизами скал, в расщелинах и небольших пещерах.