Штабы и центры исламских комитетов, склады оружия и боеприпасов моджахеды располагали преимущественно в крепостях, отдельных домах и пещерах. Крепости представляли собой сооружения прямоугольной формы с глинобитными или каменными стенами, внутри которых располагались жилые и хозяйственные постройки, по углам – башни с бойницами. Охрана штабов и центров осуществлялась группами в 30–50 человек, вооруженных автоматами, ручными и крупнокалиберными пулеметами.
Полевая артиллерия и минометы располагались на площадках, на склонах гор и в ущельях, вблизи расщелин и пещер. Орудия и минометы выкатывались из пещер только для ведения огня.
Узлы сопротивления оборудовались, как правило, в непосредственной близости от складов, лагерей и штабов моджахедов и представляли собой систему инженерно-оборонительных сооружений, которая включала ряд опорных пунктов и отдельных огневых точек, соединенных между собой ходами сообщений. Они имели большую насыщенность огневыми средствами и оборонялись с исключительной ожесточенностью.
Для борьбы с авиацией в районе базового центра в обязательном порядке создавалась система ПВО. Немногочисленные средства поражения предназначались прежде всего для прикрытия наиболее важных объектов (лагерей, складов, штабов) от ударов с воздуха. В целом система носила очаговый характер. Основу ПВО составляли крупнокалиберные пулеметы ДШК (12,7-мм), спаренные и счетверенные зенитные установки (14,5-мм), зенитные пушки типа «Эрликон» (20–30-мм) и ПЗРК «Стингер», «Ред Ай», «Стрела-2» и «Блоупайп». Зенитные средства устанавливались на высотах и склонах гор, крышах домов и в башнях крепостей с таким расчетом, чтобы была возможность одновременного ведения огня по самолетам и вертолетам с разных направлений. Наиболее важные направления заходов ударных групп авиации заранее пристреливались. Для прикрытия наиболее важных объектов выделялось 1–2 ЗГУ (ЗПУ) и 6–8 ДШК (ПЗРК).
Для слежения за деятельностью авиации была создана специальная система наблюдения и оповещения, которая включала наблюдательные посты, расположенные на склонах и вершинах гор вблизи аэродромов, на которых зачастую размещались наблюдатели со средствами связи и сигнализации.
Стоит сказать также, что в ходе всей войны в Афганистане система ПВО моджахедов постоянно совершенствовалась. Так, например, если до 1984 г. мятежники в борьбе с авиацией использовали в основном стрелковое оружие, то в последующем наблюдалось активное применение ПЗРК. Количество пусков ракет, произведенных по советским самолетам и вертолетам, составило в 1984 г. – 64, в 1985-м – 141, в 1986-м – 848. В связи с этой особенностью в действиях летного состава можно выделить три характерных периода.