В 1977–1980 гг. учился в Военно-воздушной академии имени Ю.А. Гагарина.
В 1980–1984 гг. служил на территории ГДР в гвардейском полку истребителей-бомбардировщиков. Последняя должность – начальник штаба полка.
В 1985–1988 гг. участвовал в боевых действиях в составе ограниченного контингента советских войск в Афганистане. Занимал должность командира 378-го отдельного авиационного штурмового полка (40-я армия). В апреле 1986 г. самолет, управляемый Александром Руцким, был сбит. При ударе о землю Руцкой серьезно повредил позвоночник и получил ранение в руку.
После лечения в госпитале он был отстранен от полетов и получил назначение в г. Липецк на должность заместителя начальника Центра боевой подготовки ВВС СССР.
После тренировок вернулся в строй и в 1988 г. был вновь направлен в Афганистан – на должность заместителя командующего Военно-воздушными силами 40-й армии.
4 августа 1988 г. во время ночной бомбардировки был сбит вторично. Попал в плен к афганским моджахедам.
16 августа 1988 г. Руцкой был передан пакистанскими властями советским дипломатическим представителям в Исламабаде.
8 декабря 1988 г. указом Президиума Верховного Совета СССР был удостоен звания Героя Советского Союза.
В 1988 г. стал слушателем Военной академии Генерального штаба Вооруженных Сил СССР имени К.Е. Ворошилова, которую закончил с отличием в 1990 г. Получил назначение в Липецк – начальником центра подготовки летного состава.
В 1988 г. вступил в московское общество русской культуры «Отечество». В мае 1989 г. Руцкой был избран заместителем председателя правления этого общества.
Весной 1990 г. был избран народным депутатом РСФСР по Курскому национально-территориальному избирательному округу № 52.
Весной 1990 г. на I съезде народных депутатов РСФСР был избран членом Верховного Совета РСФСР и членом Президиума ВС – председателем Комитета ВС по делам инвалидов, ветеранов войны и труда, социальной защиты военнослужащих и членов их семей.
Летом 1990 г. стал делегатом Учредительного съезда Компартии РСФСР. Был избран членом ЦК партии. В июле 1990 г. был избран делегатом XXVIII съезда КПСС.
31 марта 1991 г. во время съезда народных депутатов РСФСР объявил о создании депутатской группы (фракции) «Коммунисты за демократию».
12 июня 1991 г. был избран вице-президентом Российской Федерации. В связи с этим сложил с себя депутатские полномочия и обязанности члена ВС РСФСР.
2–3 июля 1991 г. провел учредительную конференцию Демократической партии коммунистов России (ДПКР) в составе КПСС и сложил с себя полномочия члена ЦК КП РСФСР.