Однако главное художественное достижение Хейденстама в конце 1880 — начале 1890-х гг. все же не «Эндимион», а также во многом автобиографическое произведение, роман «Ханс Альенус» (1892), работать над которым, по словам Левертина, Хейденстам начал еще в 1887 г. Если «Эндимион» при всей условности сюжета еще крепко связан с традициями реалистического «объективного» повествования 1880-х гг., художественным каноном которого были ранние произведения Стриндберга, то «Ханс Альенус» представляет собой уже нечто иное, с точки зрения новаторства сопоставимое только с «Сагой о Йесте Берлинге» Лагерлёф, торжество ничем не связанной свободной фантазии художника, в форме субъективного лирического монолога утверждающего культ красоты, индивидуализм и гедонизм как альтернативу унылой прозе мещанского существования. Явно ориентированный на образцы европейского символизма, «своей бесформенностью» он вызвал сильное раздражение Г. Брандеса.
Главный герой романа — человек «одинокий и свободный» (таким называет он себя сам), но не испытывающий радости в этом мире. Жизнь словно проходит мимо него. В поисках красоты и счастья он совершает фантастическое путешествие во времени и пространстве (Ватикан, Ассирия, современная Швеция), но жизнь, как и прежде, ускользает от него, и он повсюду чувствует себя чужим — и на карнавале в Риме, и во дворце Сарданапала, и в идиллической атмосфере старинной шведской усадьбы. Его идеал — красота классическая, эллинская, но в нем, как в современном человеке, слишком развита склонность к рефлексии, и приобщение к миру безыскусной красоты и радости ему недоступно. «Недовольство собой — это тяжелейшее бремя, которое суждено нести человеку, — говорит ему римский папа. — Тот, кто чувствует себя не в ладу с собой, остается бездомным до самой смерти».
Мотивы одиночества, тоски, разочарования звучат и во втором поэтическом сборнике Хейденстама «Стихи» (1895). Поэт жалуется на «тесный, душный предел» земной жизни и просит звезды подарить ему «небесный покой». Но в целом сборник знаменует переход к новым поэтическим темам. Подавляющая часть стихотворений посвящена национальному прошлому («Дом», «У гроба с семейными реликвиями», «В ночь на Троицу», «Спящая сестра» и др.). Обращение к истории шведской нации становится для Хейденстама мощным стимулом к духовному обновлению, преодолению декадентских настроений юности. Отрицание упадочнического декадентства и утверждение героического идеала прошлого доминирует в художественной прозе писателя на рубеже XX в.
После долгих лет скитаний Хейденстам больше надолго не покидает Швецию. Он живет либо в Стокгольме, либо в своем старинном поместье. История расположенного неподалеку Вадстенского монастыря, служившего в средние века центром литературного возрождения Швеции, легенды о походах шведов, захвативших в былые времена чуть ли не всю Европу, питают теперь его фантазию. В 1897–1898 гг. Хейденстам создает состоящую из цикла рассказов историческую хронику «Воины Карла XII», своего рода национальную эпопею, в которой изображает бурные события шведской истории первой трети XVIII в. В начале нового столетия — два исторических романа на тему средневековья «Паломничество святой Биргитты» (1901) и «Древо Фолькунгов» (1–2, 1905–1907), а также серию исторических рассказов для детей и юношества «Шведы и их вожди» (1–2, 1908–1910).