Альфред Шулер скончался 8 августа 1923 года во время операции на кишечнике, пораженном раком. Своим наследником он назначил последнего спутника жизни — молодого садовника Йозефа Майера.
С психоаналитической точки зрения Шулер никогда не оставался большой загадкой. Крайняя привязанность к матери, с которой он жил до ее смерти в одной квартире. Просьба похоронить его после смерти в соседней могиле. Все это указывает на классический эдиповый комплекс, по-видимому, с вытекающим оттуда неизбежным гомосексуализмом. Некоторые исследователи ассоциировали его с гомосексуалистами, но не расшифровывали свой анализ. Иные даже указывали на педофилические наклонности. В своих изображениях Древнего Рима Шулер уделял много места «домам мальчиков», впрочем, как и «домам девочек». Это могло указать на то, что его фантазии отличались от классического гомосексуализма. Впрочем, до сих пор неясно, имел ли действительно Шулер гомосексуальные контакты. Нередко описания сексуальных контактов он мог приводить как желаемый вариант во время погружения в историю.
Многие высказывания Шулера говорят о высокой степени самоосмысления. В своем предисловии к «Тиберию» он резюмировал: «Умственное одиночество и заглушенная безнадежность в пределах сильно подавляемой половой страсти... При этой попытке конструирования автопсихических состояний на гомосексуальной почве инстинктивное чутье привело меня в глубь творчества назарейцев[2]... Повсюду переход к непосредственно продвигающейся реальности». Шулер также вел речь о своей «страсти» к офицеру Карлу М. Но при этом он подчеркивал, что «смелая и опасная реальность подобных отношений» вовсе не должна была автоматически основываться на взаимности. Впрочем, в те времена «опасность» такой «страсти» была преувеличена. Через одно из издательств Шулер установил контакты с Генри Папюсом, который в 1896 году под псевдонимом «Господин Икс» опубликовал брошюру «Случай Оскара Уайльда и проблема гомосексуализма». В ней он требовал отмены § 175 Уголовного кодекса Германии, который предусматривал преследование гомосексуалистов. Альфред Шулер вел переписку с Генри Папюсом почти 15 лет. В 1902 году Шулер наряду с врачом Магнусом Хиршфельдом и другими видными деятелями Мюнхена стал учредителем Научно-гуманитарного комитета. Комитет был основан, чтобы бороться за отмену § 175, объяснить общественности, что собой являет гомосексуализм, и наладить сотрудничество с полицией по делу о вымогательстве и шантаже.
Сведения о гомосексуальных пристрастиях Шулера позже породили множество всевозможных спекуляций. В частности, некоторые авторы утверждали, что Гитлер и Шулер познакомились еще до Первой мировой войны, когда Адольф посетил одно из выступлений Шулера в Мюнхене и между ними возникла сексуальная связь. Любовная связь между Гитлером и Шулером, конечно, полная ерунда. Но некоторые очевидцы утверждают, что Гитлер действительно присутствовал на одном из публичных выступлений Шулера, где был просто околдован его непривычным национализмом и мистическим антисемитизмом.