Климент V симпатизировал Арнальдо. Он дозволил провидцу изложить свои идеи перед «святейшей коллегией» в Авиньоне. Но взгляды его оказались столь радикальны, что Хайме II, которого де Виланова лечил в 1303 году, в конце концов не выдержал и лишил чудаковатого реформатора своего покровительства. По-видимому, де Виланова выступал против временных правительств, чтобы расположить к себе «святейшую коллегию». Опасаясь немилости Хайме, он приехал к Фридриху III на Сицилию. В 1310 году Арнальдо умер по дороге в Рим, к папе Клименту, которому должен был доставить послание от Фридриха.
Вот какая судьба выпала на долю этого неординарного ученого, которого по праву причисляют не только к деятелям науки, но и к магам. В своей врачебной практике Арнальдо во многом полагался на магию, о чем свидетельствует сам: «Человек в своей работе может достичь великих свершений, поставив себе на службу влияния звезд». Подобно древним египтянам, он выбирал благоприятные часы для посадки целебных растений. Пользуя своих пациентов, он применял каббалистические знаки и самые разнообразные талисманы. Он не гнушался церемониальной магией — ни заклинанием духов, ни неортодоксальными молитвами. Вслед за знаменитым греческим врачом Галеном (131 — 210 гг. н. э.) он потчевал пациентов отвратительными на вкус снадобьями. От камней в почках Арнальдо применял такое чудовищное средство, что можно не сомневаться: вера папы Бонифация в его врачебное искусство была поистине велика.
Однако в одном отношении Арнальдо коренным образом расходился со своими коллегами: критикуя народные средства врачевания, он, тем не менее, признавал, что многие из них эффективны. В отличие от Бэкона и Альберта, он защищал лекарей, экспериментировавших с различными снадобьями, и даже приближался по степени терпимости к Парацельсу (1493 — 1541), который во время своих скитаний по Европе учился у простых цирюльников, костоправов, знахарей и даже у бродяг.
С распространением в Европе еретических воззрений, которые церкви было не под силу искоренить, папский контроль над инакомыслящими ужесточился. Принесенная, по-видимому, крестоносцами с Востока дуалистическая ересь много лет набирала силу в Южной Франции, и с XI сектанты открыто проповедовали свое учение в Италии, прежде всего в Ломбардии, где встретились два течения: то, что зародилось в морских портах юга Франции, и то, что с востока достигло долины реки По. В 1080 году папа Григорий VII все еще рекомендует светским владыкам умеренность в преследовании еретиков и ведьм. Но многочисленные секты множатся и растут с пугающей скоростью: появляются павликиане, богомилы, катары, патерины, вудуа, альбигойцы, тартарины, бегарды, «лионские нищие».