Схожие предписания мы найдем и в более поздних черномагических книгах. Такое смешение магических элементов с религиозными успокаивающе действовало на тех, кто страшился небесной кары за недозволенные церковью операции. Разумеется, церковные власти не могли закрыть глаза на проповедь подобных «антимагических» ритуалов, хотя Арнальдо и сопровождал ее страстными инвективами против колдовства. Он заявлял, что медицину следует очистить от магии; все колдуны, заклинатели духов и гадатели, — утверждал он, — заслуживают лишь презрения, ибо чудеса их не имеют ничего общего с естественными науками.
Тем не менее, еще при жизни де Вилановы — в 1305 году — инквизиция наложила запрет на его сочинения. Его конфликты с властями вовсе не ограничивались ссорой с каталанскими доминиканцами. Арнальдо схватили и бросили в тюрьму в Париже, куда он прибыл в качестве посланника от Хайме к французскому королю Филиппу Красивому. На следующий день с помощью влиятельного друга он вышел на свободу, но вскоре вынужден был предстать перед судом парижского теологического факультета и епископа. Здесь-то Арнальдо и узнал, чем навлек на себя недовольство теологов: их возмущали изрекаемые им пророчества о конце света, а также трактат об имени Бога, в котором де Виланова, по всей видимости, воскресил гностические поверья, связанные с магией слова. Суд постановил публично сжечь книги де Вилановы. Арнальдо опротестовал это решение, обратившись к Филиппу и Бонифацию, и в 1301 году ему было позволено покинуть пределы Франции. Надеясь привлечь папу на свою сторону, он прибег к хитрости: послал Бонифацию изрядно отредактированную копию своего сочинения. Но парижане предвидели такой ход и загодя отправили Его Святейшеству осужденный ими оригинал.
Папа заточил Арнальдо в темницу; спустя какое-то время ему пришлось предстать перед тайной консисторией и отречься от своих заблуждений. Папа дал ему дружеский совет: «Занимайся медициной, оставь теологию в покое, и мы воздадим тебе почести».* Бонифаций нуждался в услугах Арнальдо как врача. Видимо, только по этой причине он проявил потрясающую снисходительность к этому святотатцу, заявившему, что сам Христос внушил ему идеи церковной реформы. Одного такого признания в общении с Богом без посредничества церкви было бы достаточно, чтобы отправить вдохновенного преступника прямиком на костер. Скорее всего, де Виланова окончил бы свои дни весьма печально, если бы папу в тот момент не постиг внезапный недуг. Арнальдо вылечил его и в награду получил замок Ананьи. Следующее его сочинение было принято благосклонно.