22 июня 1941 г., в день начала войны с Советским Союзом, в Париже и его пригородах было арестовано около тысячи эмигрантов — наиболее известные представители культурной и общественно-политической элиты русского зарубежья. Среди них был Фондаминский. «Есть ли весть от Ильюши?» — спрашивал Набоков Зензинова в первом же письме из Калифорнии, не подозревая об участи их общего друга. Сведения Зензинова об аресте Фондаминского (см. письмо № 2 — от 8 августа 1941 г.) были верны. Немецкий лагерь с «очень хорошими условиями» был Компьень, который с декабря 1941 г. был превращен в транзитный лагерь для евреев — граждан Франции и других стран, отправляемых в лагеря уничтожения…
«Фондаминский остался в лагере вместе с евреями, когда большинство русских уже были освобождены. Говорят, что не пощадило его в лагере и последнее испытание: антисемитизм соотечественников, которых не смягчала и обреченность беззащитных жертв. Но с И. И. было несколько друзей-христиан, от которых мы знаем, как он окреп и вырос в это страшное время. Очевидно, он примирился со смертью и приготовился к ней. Тогда-то он решил и креститься. Никакого давления на него не было оказано. Священник, который крестил его, скорее сам чувствовал его влияние, его духовное и даже богословское превосходство. Этот священник рассказывал, что когда после крещения он служил литургию, за которой И. И. должен был впервые причаститься, ворвались немецкие солдаты и приказали прекратить службу, так как походная церковь подлежала закрытию. Таинство было закончено вне церкви, в одном из бараков. Так старый подпольщик в подполье встретил своего Христа.
Чтобы уяснить вполне значение смерти Фондаминского, нужно помнить, что она была наполовину добровольной. Ему представлялась возможность спастись. Тяжело заболев в лагере, он был переведен в больницу. Бежать оттуда было возможно, и друзья (на этот раз социалисты) брались устроить побег. Фондаминский отказался. Своим мотивом он указал желание разделить участь обреченных евреев. В последние дни свои он хотел жить с христианами и умереть с евреями, этим, может быть, искупая ту невольную боль, которую он причинял им своим крещением.
Смерть Фондаминского, вероятно, останется навсегда окутана тайной. Он был увезен в Германию, и там следы его теряются».[34]
В конце 1943 г. Набоков запрашивал Алданова: «…Мы с вами говорили последний раз о том, нельзя ли что-нибудь сделать по поводу Ильи Исидоровича. Вы говорили о католиках и о Красном Кресте. Удалось ли предпринять какие-либо шаги в этом смысле?..»