В январе 1999-го Кудрин ушел, и снова к Чубайсу, став его первым заместителем в правлении РАО «ЕЭС». Но в августе того же года премьером стал Путин и вернул Кудрина в Минфин на прежнюю должность. После президентских выборов министр финансов Михаил Касьянов стал премьером, а Кудрин – вице-премьером и министром.
«Простого слесаря» срочно вызывают на работу: произошла авария где-то в подземном тоннеле. С ним лезут под землю фронтовые друзья.
«В тоннеле тесно, темно, грязно. Оказавшись в замкнутом пространстве, в ситуации реальной опасности, памятной каждому из них по войне, эти четверо вдруг начинают испытывать одни и те же чувства и понимать друг друга с полуслова. Они подшучивают друг над другом, не признаваясь вслух, что счастливы вспомнить фронтовое братство, что важнее испытанного на войне никогда не было потом в их жизни, что слишком многое было утрачено за годы, прошедшие в суете, потерях…» (из сценария кинофильма «Белорусский вокзал»).
…В 1999-м было возбуждено уголовное дело № 144128, в материалах которого фигурируют имена Владимира Путина и Алексея Кудрина. Кудрин якобы подписал соглашение о предоставлении строительной корпорации «Двадцатый трест» госкредитов на несколько миллионов долларов. «Двадцатый трест» переводил деньги более чем двум десяткам фирм в Испании, Финляндии, Швеции, Германии, Бельгии, Ирландии и США. Расследование было закрыто после инаугурации Владимира Путина в должности президента России. По словам руководителей следственной группы, на них оказывалось беспрецедентное давление.
В 2000 году Кудрина вызывали на допрос в рамках уголовного дела № 31913. Следователей интересовали жилищные ссуды, которые Кудрин с 1993 года распределял среди своих, петербургских, сотрудников мэрии.
Еще недоброжелатели обвиняли министра финансов в лоббировании инвестиционного банка «КИТ Финанс». (Поговаривали, что название банка происходит от словосочетания «Кудрин и Тинтякова». Ирина Тинтякова – вторая жена Кудрина.) Деятельность «КИТ Финанса» связывали с петербургским банком «Пальмира». Его основателем и членом совета директоров в 1994–2004 годах был Отар Маргания, однокурсник и друг Кудрина. В 2000-м председателем совета директоров банка стал Александр Винокуров, работавший в инвестиционной компании «БАЛТОНЭКСИМ Финанс».
Когда Кудрина назначили министром, Маргания и Виноградов включились в войну за контроль над российским алмазным монополистом АК «АЛРОСА». В 2001 году, во время выборов президента Якутии, Винокуров обратился в прокуратуру с требованием привлечь главу региона Михаила Николаева к уголовной ответственности по ряду статей УК РФ (речь шла о просрочке платежей местным Минфином). Журнал «Компания» писал, что действия «БАЛТОНЭКСИМ Финанс» могли осуществляться по желанию Маргания, бывшего тогда внештатным советником Кудрина. В конце концов Николаев снял свою кандидатуру, выборы выиграл Вячеслав Штыров, после чего наблюдательный совет алмазной компании возглавил министр финансов. «АЛРОСА» начала размещать крупные суммы на депозитах в банке Маргания и Винокурова.