Вот тогда-то вспомнили и о его могиле, и о его бренных останках. Исследователи отправились в церковь Сан-Себастьян, вскрыли старый склеп, но не нашли там ни надгробного камня, ни тела. Были предприняты новые поиски, наводились справки в архивах.
Было установлено, что после похорон Лопе герцог Сесса, чтобы выказать почтение своему секретарю, пожелал соорудить ему пышный склеп. Для герцога это был способ подтвердить свой статус мецената, о котором с таким восторгом говорилось в речах, произнесенных на похоронах Лопе, что очень польстило тщеславию этого знатного вельможи. Однако пока герцог вынашивал свое намерение, не особенно торопясь его реализовать, он забыл позаботиться о покрытии расходов по содержанию временного захоронения, как это было предписано в приходе. Кроме того, по примеру других испанских грандов, герцог был принужден самим ходом исторических событий расстаться со своей красивой жизнью рядом с королем и оказался втянут в бесконечные конфликты, сотрясавшие королевство, сначала в качестве дипломата, а потом и в качестве воина. Поглощенный новыми заботами, герцог просто забыл о Лопе. 14 ноября 1642 года герцог Сесса скончался, став жертвой эпидемии лихорадки, и оказалось, что он так и не выполнил многих взятых на себя обязательств, в том числе и тех, что касались могилы поэта.
Приход церкви Сан-Себастьян обратился к потомкам герцога, в частности к его старшему сыну Антонио, ставшему седьмым герцогом Сесса, с просьбой о помощи, но новый герцог остался глух к этим просьбам. В 1658 году, пятнадцать лет спустя, кредиторы-церковники устали ждать и приняли решение перенести в другое место останки поэта, с благословением когда-то помещенные во вторую могилу третьего ряда в склепе под главным алтарем церкви. Это несомненный факт, и об него спотыкались архивисты и исследователи творчества Лопе, ведшие друг с другом нескончаемую полемику и только сгущавшие завесу тайны, витавшей над останками Лопе. Куда могли их поместить? В оссуарий склепа? Или в другое место? Все вопросы остались без ответа.
Брат Матиас Фернандес Гарсия, нынешний приходской священник прихода Сан-Себастьян, полон решимости разгадать эту загадку, для чего и возобновил поиски. Будучи известным историком и обладая большими познаниями, он полагает, что последние раскопки, производившиеся в 1969 году в присутствии его предшественника, брата Энрике Веры Иньигеса, были произведены наспех и без должного серьезного к ним отношения. Но он полагает, что «приключение» с останками поэта вполне соответствует романтическому духу самого Лопе и что нас в этом деле еще ожидают сюрпризы. С лукавой улыбкой он добавляет, что пока «приход Сан-Себастьян остается единственной реальной могилой Феникса». И чтобы помнить об этом, в церкви возвели новый алтарь точно на том самом месте, где находился старый, под которым триста шестьдесят шесть лет назад был погребен прах величайшего поэта и драматурга. Этот алтарь находится справа от южного портала, если входить в церковь с улицы Аточа; на этом алтаре есть мраморная мемориальная доска, а над алтарем помещен величественный ковчег-реликварий, как бы являющийся неоспоримым знаком присутствия Лопе в церкви. Статуя святого Себастьяна украшает западный фасад церкви. Эта чрезвычайно редкая для испанской культуры обнаженная скульптура поражает не только изяществом форм, но и необычайной чувственностью, почти сладострастием, с которым мученик принимает пытки.