После сенсационного полёта Рудольфа Гесса с «миссией мира» в Великобританию 10 мая 1941 года влияние Бормана возросло ещё больше: оставаясь главным контролёром денежных потоков и управляющим партийной собственностью, он стал начальником партийной канцелярии. В 1942 году он был назначен ответственным за кадровую политику нацистской партии, получив ранг рейхсминистра. С 1943 года – личный секретарь Гитлера. В этом качестве, получив немалые административные полномочия и взяв под свой контроль информацию, поступавшую к вождю, он умело оттёр от фюрера прочих партайгеноссен – Геринга, Гиммлера, Геббельса и Шпеера. В итоге Геринг попал в опалу, а доверие фюрера к Гиммлеру резко упало. С конца 30-х годов до самой смерти Гитлера Борман безусловно являлся одним из самых его доверенных подручных. Широко известно высказывание самого Гитлера на этот счёт: «мой самый преданный соратник». Фюрер был крёстным отцом Мартина Бормана-младшего. Последний, являющийся ныне католическим священником, в данном несколько лет назад интервью подтвердил, что религия в семье Борманов «была под запретом», а его отец «верил только в фюрера». Борман являлся свидетелем при бракосочетании фюрера и Евы Браун. «Фазенда» Бормана, располагавшаяся рядом с резиденцией Гитлера в Оберзальцберге, поставляла овощи и другие продукты к столу фашистского диктатора. Перед Второй Мировой войной и в ходе её Борман часто оказывал непосредственное влияние на то, кто имел прямой ежедневный доступ к Гитлеру: так, благодаря ему, были отстранены от должностей телохранитель фюрера И. Дитрих и адъютант В. Брюкнер. Его называли «тенью» Гитлера и «серым кардиналом». Именно Борман стал основным проводником политики геноцида евреев и других «недочеловеков»: его декрет от 1 июля 1943 г. предоставил Адольфу Эйхману и гестапо широчайшие полномочия по уничтожению евреев. В том числе и за это 1 октября 1946 года Нюрнбергский трибунал заочно приговорил его к смерти. Интересно отметить, что адвокат строил защиту на том простом факте, что его клиент мёртв и, соответственно, более неподсуден суду земному. Борман являлся свидетелем самоубийства Гитлера и четы Геббельсов, предварительно отравивших своих детей. Сам он, кстати, планировал поступить точно так же со своими многочисленными отпрысками (у него было десять детей), но тем повезло: доверенные лица рейхсляйтера предпочли проигнорировать переданный по радио приказ босса. Именно Борман выполнил инструкции Гитлера и послал адмиралу Деницу сообщение о том, что тот назначен преемником фюрера и последним главой Третьего рейха. В ночь с 1 на 2 мая 1941 года Борман покинул бункер рейхсканцелярии и... исчез.