В ходе чистки 1933 года из числа бывших лидеров оппозиционных группировок «вычищенными» оказались только Шляпников и Медведев, организаторы «рабочей оппозиции» 1920—22 годов. После решения ячейки Госплана об исключении Шляпникова «как окончательно порвавшего с большевизмом», он направил письмо Сталину, в котором протестовал против того, что «около меня создали атмосферу сенсации, мелкого клеветничества и из меня делают уже в печати „законченного двурушника“». Шляпников сообщал, что комиссия не позволила отложить его чистку в связи с обострением у него глухоты. Поэтому он был вынужден явиться больным на собрание, где не был способен даже слышать обвинения в свой адрес и поэтому дать отпор «шкурникам… которые клеветали на меня». В заключение письма Шляпников обращался с просьбой «положить конец издевательствам надо мною и обязать комиссию по чистке предъявить мне факты о моем двурушничестве».
Сталин переслал это письмо в Центральную Комиссию по чистке. Здесь при рассмотрении апелляции Шляпникову пришлось выслушать новые издевательства, тем более оскорбительные, что с менторской речью в его адрес выступил Ежов, несколько лет воспитывавшийся в семье Шляпникова. «Сейчас Шляпников недоумённо всех спрашивает — в чём заключаются его преступления? — говорил Ежов.— …К тебе, Шляпников, со стороны партии было проявлено исключительно терпеливое отношение. Член партии ты старый, рабочий, культурный рабочий. На твое воспитание партия затратила очень много. Своим горбом ты тоже поработал. Пишешь книги, что не под силу ещё многим из рабочих. И партия всё время терпеливо к тебе относилась, думая, что Шляпников исправится.
Этим терпеливым отношением партии ты всё время злоупотребляешь. Все твои знания и способности, на которые потрачено немало сил партии и твоих собственных сил, ты на протяжении полутора десятков лет употребил только на борьбу против партии. Терпение партии исключительное и целиком опровергает твои же собственные утверждения о режиме в партии и т. п., о которых ты неоднократно говорил и писал… Если мы сейчас оставим Шляпникова в партии, ни один член партии этого не поймет» [766].
Перед утверждением решения об исключении Шляпникова из партии споры на комиссии развернулись лишь по поводу того, за что его исключать: за «старое» — участие в «рабочей оппозиции» или за «новое» — за то, что он не выступал против троцкистов и «морально разложился». В результате «дискуссии» было решено исключить и за «старое» и за «новое». При этом обвинения в «разложении» сводились к тому, что, будучи председателем жилищного кооператива, Шляпников выступил на суде в защиту беспартийного члена кооператива, в квартиру которого по ордеру, подписанному Кагановичем, в нарушение закона был вселён работник аппарата МК партии.