Монголы встречают в Китае полностью отличную от их собственной форму духовной жизни, которая остается для них совершенно чуждой и которую первое время они даже пытаются подавить. Речь идет о конфуцианстве.
Конфуцианство, преобладавшее в Китае по меньшей мере уже два века, воплощало (особенно в персоне мандарина) идею сопротивления варварам и чужеродным влияниям. Мандарин утверждался гарантом нерушимости традиционного китайского общества и специфической цивилизации. До прихода монголов никакая религия или доктрина, пришедшая с Запада, не смогла завоевать умы, разве только иногда, в маленьких изолированных обществах, почти маргинальных.
Так, например, иудаизм заявляет о себе при правлении династии Сун. Марко Поло упоминает об этом несколько раз, но как о факте действительно непривычном. Круг последователей крайне ограничен.
Можно отметить также слабые «проблески» христианских влияний.
Православие, пришедшее, как известно, из Константинополя, долгое время не переходило границ Кавказа, и только к середине XIII века византийское духовенство укрепило свое влияние в степях средней России, подчиненной Золотой Орде.
Со своей стороны, армянская церковь больше не расширяла свое влияние или свою структурированную организацию, остановившись у самых ворот центральной Азии. В Туркестане и в Китае находим только отдельных путешественников — армянских миссионеров — и несколько изолированных, очень маленьких колоний иноземцев.
Из всех православных церквей только мелькитская церковь — прозябавшая в Сирии и Палестине под арабским гнетом — продвинулась далеко вперед при власти епископа Хорасана, обосновавшегося в Мерве или в Нишапуре.
Прочнее других в странах, завоеванных мусульманами (Сирия, Месопотамия), закрепляются христианские церкви, еретические по отношению к Константинополю. Обширные диаспоры христиан-аборигенов ищут прибежища далеко на востоке, в глубине Азии, где впоследствии и принимают крещение. Якобиты Сирии (монофизиты), которые утверждали, что в личности Христа воплотилась единая природа Бога, установили епископские престолы очень далеко в Азии: это епископства или метрополии Герата (в горах к западу от современного Афганистана) и Хорасана (дальше на запад, в Персии).
Марко Поло встречает их и в других областях Туркестана: одна из колоний обнаруживается на западе, в Яркенде, там, где начинается Великий Шелковый путь; другая — на востоке, у онгуров, на севере Турфана.
Манихейцы, которые противопоставляли бога добра богу зла, проникли в Китай в VIII веке и обосновались, в основном, в отдаленной провинции Фукиен. Управление было слабым, так что китайская цивилизация не оказала большого влияния на эту провинцию, расположенную между морем и горами. Марко Поло отчасти сближает их с еретиками — буддистами, сгруппированными в секты или секретные общества, такие как например, общество «Белого лотоса» или «Синий лотос».