Однако со временем властолюбие и гордыня Никона, стремившегося стать в православном мире тем же, кем в мире католическом был римский папа, привели его к разрыву даже с выдвинувшим и поддерживавшим его царём Алексеем Михайловичем. В 1656–1657 годах Никон был сделан полновластным распорядителем по всем государственным делам по случаю очередного отбытия царя на войну — на этот раз со Швецией. Однако военные походы, освободив на время царя от личного воздействия патриарха, стали началом падения Никона. Тем более и война со Швецией, во многом начатая под влиянием Никона, закончилась полной неудачей. Со временем стало ясно: царь более в Никоне не нуждается. В 1658 году обойдённый царским вниманием «великий государь Никон, патриарх всея Великия и Малыя и Белыя России» самовольно оставил патриарший престол, бросил свою паству на произвол судьбы и уехал в построенный им Воскресенский Новоиерусалимский монастырь.
Вот как описывают ссору царя с Никоном в своём донесении от 9 августа 1658 года шведские дипломаты: «Тогда дело с патриархом дошло до того, что простые люди, долго бывшие недовольными его действиями, написали царю прошение, в котором называли патриарха еретиком, содомитом и возмутителем спокойствия, исказившим религию, древние церковные одежды и обряды, и скорбно просили нового патриарха, благочестивого и истинного христианина. Но поскольку никто не решался передать прошение, то его положили в такое место, где оно попало в руки патриарха, который впал в сильный гнев и пришел к царю, требуя тотчас сыскать авторов, используя пытки и прочие подобные средства. Царь, напротив, сказал, что в этом деле надо разобраться, но подойти к нему со всей осторожностью, чтобы не вызвать бунта. Патриарх, будучи этим недоволен, тотчас собрался и отправился из Москвы. Царь попытался через князя Трубецкого и ещё одного знатного господина отговорить его, но поскольку это не помогло, то он послал несколько сот стрельцов привезти его обратно и содержать под стражей, в то время как московское духовенство обязали расследовать это дело. Никто не верил, что он легко отделается, ибо вся страна ненавидела его. А если бы кто-то попытался обелить его, это вызвало бы, Бог его знает, недовольство или мятеж. Так говорили все. В Новгороде я записал со слов одного верного человека, что там произошло чудо, случившееся под Псковом, где три дня подряд земля покрывалась кровью, а ночью в церквах горел свет и появлялись два неизвестных человека, которые ни с кем не желали разговаривать, а ходили через моря и озёра, и повсюду»