Не чужда была Аввакуму и практика «умной» молитвы. «Лежа на печи, умом моим глаголющу псалмы… Всяку речь в молитвах разумно говорю, а иную молитву и дважды проговорю». Молитва была для Аввакума наиболее важным видом не только духовной, но и телесной деятельности, направленным на достижение спасения души. В таком понимании молитвы Аввакум близок к традициям византийского исихазма. Главный представитель этой традиции восточнохристианской мысли святой Григорий Палама обосновал положение о том, что космос и жизнь человека пронизаны Божественной благодатью. Приобщение же к этой благодати осуществляется посредством молитвы. О том же учил и Аввакум: «Во время молитвы, — окружит меня дух, и распространится ум, и радости неизглаголанныя исполнится сердце».
Кроме молитвы путь к спасению открывали истинная вера, покаяние, страдание и, в равной степени, благодать, добродетель и истинные, «неразвращённые» таинства. Однако в связи с никоновской реформацией и последующим отступлением православного епископата от истины невольно возникали вопросы: а где же истинная Церковь? Где же истинные таинства? С одной стороны, истинная вера была для Аввакума немыслима без Церкви и без таинств. Но с другой стороны, он прекрасно понимал, что «не всех Дух Святой рукополагает, но всеми действует, кроме еретика». А потому и истинную Церковь Аввакум не связывал лишь с официальной иерархией: «Церковь бо есть небо… Не стены, но законы церковь».
Теперь, когда епископат и высшее духовенство отступили от учения и практики древней Церкви, человек оказывался предоставлен самому себе в выборе пути спасения. Особенно остро это ощущалось здесь, в дикой, забытой Богом далекой Даурии, находящейся, казалось бы, на самом краю света, где не было ни епископа, ни церкви, ни алтаря и где человеческая душа представала перед Богом один на один. Поэтому особый смысл получала идея личной ответственности христианина в миру и церковной жизни. Независимо от своего места в социальной и духовной иерархии человек лично отвечает перед Богом за свои деяния и веру. «Глаголют бо безумнии человецы, утесняюще свою душу: “не на нас-де взыщет Бог законное дело и веру; нам-де что? Предали патриарси и митрополиты со архиепископы и епископы, мы-де и творим так”… А патриарси со мною, протопопом, на сонмище ратовавшеся, рекоша: “не на нас взыщется, но на царе! Он изволил изменить старыя книги!” А царь говорит: “не я, так власти изволили!” Воистинну омрачися неразумное их сердце, во еже быти им безответным. Осуетишася помышленьми своими друг на друга, а все на Бога омраченными сердцы, зане разумное Божие яве есть в них. Все знают, яко погибают, но мраковидным духом ослепоша в сопротивии всяцем, зане разумное Божие яве есть в них, Бог бо явил есть им».