Милостиво отнёсся к возвратившемуся из ссылки протопопу и царь Алексей Михайлович. В Москве Аввакум сразу же явился к своему старому другу Феодору Михайловичу Ртищеву, который подошёл к нему под благословение и долго обо всем расспрашивал. Ртищев к тому времени занимал уже весьма высокое положение. Это был человек, в прямом смысле слова имевший «доступ к телу» царя: в 1650 году он был пожалован чином царского постельничего. «И того постелничего чин таков, — сообщает Григорий Котошихин, — ведает его царскую постелю, и спит с ним в одном покою вместе, когда с царицею не опочивает, так же у того постелничого для скорых и тайных его царских дел печать». Во время приезда Аввакума в Москву Ртищев ведал приказом Большого дворца.
Трое суток провёл Аввакум в доме царского постельничего, после чего Ртищев доложил о нём непосредственно царю. «Государь меня тотчас к руке поставить велел и слова милостивые говорил: “здоров ли-де, протопоп, живешь? еще-де видатца Бог велел!” И я сопротив руку ево поцеловал и пожал, а сам говорю: “жив Господь, и жива душа моя, царь-государь; а впредь что изволит Бог!” Он же, миленькой, вздохнул, да и пошел, куды надобе ему».
Царь велел разместить Аввакума на подворье Новодевичьего монастыря, которое находилось рядом с Вознесенским монастырём в Кремле. «И, в походы мимо двора моево ходя, кланялся часто со мною низенько-таки, а сам говорит: “благослови-де меня и помолися о мне!” И шапку в ыную пору, мурманку, снимаючи с головы, уронил, едучи верхом! А из кореты высунется, бывало, ко мне. Таже и все бояря после ево челом да челом: “протопоп, благослови и молися о нас!” Как-су мне царя тово и бояр тех не жалеть? Жаль, о-су! видишь, каковы были добры! Да и ныне оне не лихи до меня; дьявол лих до меня, а человеки все до меня добры», — писал впоследствии Аввакум.
Но царские и боярские милости не могли затмить главного: приехав в Москву, Аввакум увидел, что никоновские новшества прочно укрепились в церкви. И он вновь выступил с их обличением. Время пребывания Аввакума в Москве становится самой горячей порой его проповеднической деятельности. Пользуясь в это время большой свободой, он действовал и устным словом, и писаниями. В первую очередь он обращается с челобитной к царю. «Я чаял, — пишет в ней Аввакум, — живучи на Востоке в смертях многих, тишину здесь в Москве быти; а я ныне увидял церковь паче и прежняго смущенну. Свет наш государь, благочестивый царь! Златаустый пишет на Послание к ефесеом: “ничтоже тако раскол творит в церквах, якож во властех любоначалие, и ничтож тако прогневает Бога, якоже раздор церковной”. Воистинно, государь, смущенна церковь ныне».