Однако пока до Пустозёрска добраться Аввакуму было не суждено. 29 декабря 1664 года его вместе с семьёй и домочадцами (всего 12 человек) привезли на Мезень. Хотя положительного ответа от царя и не дождались, помог случай — «Бог остановил нас Своим промыслом у окияна моря, на Мезени». Судя по отписке царю мезенского воеводы Алексея Христофоровича Цехановицкого, окрестные крестьяне «учинили бунт» и отказались дать деньги и подводы, необходимые для отправки ссыльных и их стражников в Пустозёрск. В январе 1665 года с Мезени Аввакум снова писал царю: «…не вели нас, двенатцати человек, поморить безгодною смертию з голоду и без одежды, вели, государь, нам из своея государевы казны давать корм».
На Мезени Аввакум прожил полтора года. Жил в Окладниковой слободе, относительно свободно: «промышлял рыбу, и кормился, благодаря Бога; а иное добрые люди, светы, с голоду не уморили, Божиим мановением». Небольшой городок на правом берегу реки Мезени, впадающей в Белое море, Окладникова слобода стала к началу XVII века торговым и административным центром всей округи. Здесь проживали воеводы (у местного воеводы Алексея Цехановицкого частенько бывал Аввакум с супругой), проходили знаменитые крещенские ярмарки. О важности слободы как торгового центра говорит тот факт, что здесь постоянно проживали английские торговые агенты.
В Окладниковой слободе Аввакум продолжал служить в местной церкви, убеждая прихожан стоять за старую веру. Первая церковь здесь была построена ещё в 1568–1570 годах и была освящена во имя священномученика Климента папы римского и Петра Александрийского. К 1602 году построили и вторую церковь — Рождества Пресвятой Богородицы. А «в дву церквах образы и свечи и книги и ризы и колокола на колокольнице строение мирское», — гласит запись 1623 года. В 1663 году при церкви служили попы Герасим и Илья.
В 1665 году на Мезени у Аввакума родился младший и последний сын — Афанасий, «мой мизинец», как он его ласково называл. Здесь же Аввакум его и окрестил и, «обедню служа на Мезени, причастил». После Собора 1666 года Афанасий не был заключён в земляную тюрьму вместе с матерью и двумя старшими братьями, очевидно, за малолетством. В 1673 году Аввакум писал из пустозёрской ссылки родным на Мезень: «Спаси Бог, Афанасьюшко Аввакумович, голубчик мой! Утешил ты меня». Местный воевода рассказал протопопу о том, что, когда он спросил у ребёнка о сложении перстов, Афанасий показал двуперстие, а на угрозу посадить его в тюрьму ответил: «Силен-де Бог, не боюся!» Этот ответ тронул не только отца, но и воеводу, который рассказывал о нём, «похваляя» мальчика.