. 5 сентября 1666 года Аввакума доставили в Боровский Пафнутьев монастырь. Здесь он пробыл до 30 апреля 1667 года. Несмотря на строгие условия, в которых содержался Аввакум, время от времени боярыне Морозовой удавалось передавать в монастырь «потребная и грамотки».
В Пафнутьевом монастыре знаменитого узника посещали различные духовные лица, пытавшиеся его увещевать и склонить на сторону реформаторов. Так, 12 сентября приезжали ярославский диакон Козьма и подьячий Патриаршего двора Василий Васильев «из Пушкарей», привозили с собой какие-то «выписки в тетрадях от властей» и долго уговаривали Аввакума принять новую веру. При этом Козьма вёл себя двусмысленно. Вместо того чтобы «вразумлять» протопопа, Козьма всячески поддерживал его, втайне ободряя в следующих словах: «Не отступай ты старого того благочестия! Велик ты будешь у Христа человек, как до конца претерпишь; не гляди на нас, что погибаем мы!» Всё закончилось тем, что Аввакум написал «духовным властям» «сказку с бранью с большою» и отослал с диаконом и подьячим. 4 декабря прибыл игумен Парфений из Москвы, «морил Аввакума три дни и в стюденой тюрьме держал ево». 30 января вновь приехал диакон Козьма и от имени Павла Крутицкого и Илариона Рязанского вновь уговаривал Аввакума, причём «приходил к нему пьян ночью, хотел извести ево».
Келарь Никодим, который в период первого заточения Аввакума в Пафнутьевом монастыре был «добр» к узнику, во время второго его привоза «ожесточал»: «задушил было меня, завалял и окошка и дверь, и дыму негде было итти, — тошнее мне было земляныя тюрьмы: где сижу и ем, тут и ветхая вся срание-сцание; прокурить откутают, да и опять задушат». Хорошо зашёл к протопопу добрый человек, дворянин Иван Богданович Камынин, вкладчик монастыря. Покричал на келаря и «лубье и все без указу разломал». С тех пор у Аввакума в темнице хотя бы появилось окно и он мог свободно дышать.
Но когда протопоп попросил Никодима открыть дверь темницы в день Пасхи, «Велик день», святой для каждого православного, и посидеть на пороге — келарь отказал, при этом ещё и обругав узника. Вскоре Никодим тяжело заболел: «маслом соборовали и причащали, и тогда-сегда дохнет». В ночь со Светлого понедельника на вторник было ему видение: «прииде к нему муж во образе моем, — пишет Аввакум, — с кадилом, в ризах светлых, и покадил ево и, за руку взяв, воздвигнул, и бысть здрав». Исцелённый келарь вместе с келейником, который также был свидетелем этого великого чуда, пришёл к Аввакуму ночью в темницу и сказал: «Блаженна обитель, — таковыя имеет темницы! блаженна темница — таковых в себе имеет страдальцов! блаженны и юзы!»