.
При этом «неблагонадёжные» стрелецкие начальники были заменены «новокрещёными иноземцами» рейтарского строя (майор Келин, ротмистр Буш, поручики В. Гутковский и Ф. Стахорский). Царь прекрасно понимал, что сердце пришлых наёмников, с трудом изъяснявшихся по-русски и крестившихся, как правило, в корыстных целях, не дрогнет перед осквернением православной святыни. «Обитель неблагодарно восхоте разорити и собра рать… богоборну и злочестиву, немца и поляков».
Теперь, когда прибыли настоящие специалисты военного дела, осада монастыря стала вестись по всем правилам военного искусства того времени. Близ неприступных крепостных стен построили городки и шанцы, и обстрел монастыря стал постоянным и целенаправленным. Одновременно под три монастырские башни велись подкопы.
Но, несмотря на жестокую осаду, соловецкие иноки продолжали богослужения. Отчаявшись в помощи и милости человеческой, «с горькими слезами и воплем» просили они помощи и заступления у Бога, Пречистой Владычицы Богородицы и преподобных Зосимы и Савватия. Молитвами и слезами и «дненощенными богостоянии противу ратных вооружахуся». В обители пелось по два молебна каждый день, чтобы солдаты не поимели «дерзновения внити во ограду монастыря».
И тогда произошло настоящее чудо: «премилостивый Господь, близ всем призывающим И (Его. — К.К.) воистину, посла на ня (них. — К.К.) мор великий, знамениями язв являемый». За три-четыре дня умерло около семисот человек. Испуганные этим знамением, многие из оставшихся в живых стрельцов постригались в иночество и покаянием очищали свои души. Незримое заступничество преподобных отцов Зосимы, Савватия и Германа ограждало обитель от многих приступов и пушечных выстрелов.
Веру соловецких иноков укрепляли и иные многие чудеса, происходившие в то время в богоспасаемой обители. Об одном из них пишет протопоп Аввакум:
«И ныне явился новой святой, Илинарх в Соловецком монастыре, — вместо же праха взыдет мирсина. Зрите и разумейте: не прах ли был Илинарх-от, в земле лежал, кто ево знал, земля ино земля, а ныне яко мирсина взошел, зело завонял во всю Русскую землю. Мирсина бо есть древо райское, обретается к восточным странам, посреде кедров и кипарисов, и зело древо уханно, еже есть вони исполненно благой, издалеча приходящаго обвеселит. Тако и Иринарх во всей земли верных возвеселил, а никониян взбесил своим и скорбь им наведе явлением. Понеже старыя нашея изгнанныя православныя веры крин процвете, на обличение никонияном новолюбцам, врагом и отступником от Христа и от Пречистой Богородицы и от соловетцких чудотворцов. Как вы, никонияне, скрыть чудо сие умыслите? Али сице рцете, яко вашего ради достояния земля Иринарха отца изведе из недр своих ради ваших новых блядивых молитв? Гордоусы! — обмишулились, — не так, не так! не лгите на истину: пение в Соловках церковное и келейное по старому православию и книги имеют старопечатные, вашим блядям противятся, того ради от вас в осаде сидят седмь годов милые, алчни и жадни, наги и боси, терпят всякую нужду ради веры православныя. Того ради, утешая их, Бог изведе из земля стараго игумна Иринарха, бывшаго древле в православной вере при благочестивом царе Михаиле Федоровиче всея Руси. И будет Имя Господне во знамение вечно, рече Господь: еще же и не оскудеет, по словеси Божию, старое наше православие молитвами святых отец»