.
Царь умирал тяжело. «А цар-ет до смерти-тое за день — за другой крепко тосковал, четверг-от и пятницу-ту, да без зазору кричал сице: “О господие мои, помилуйте мя, умилитеся ко мне, дайте мне мало время, да ся покаюсь!” Предстоящии же ему вопрошают его со слезами: “Царь-государь, к кому ты сия глаголы вещаеш?” Он же рече им: “Приходят ко мне старцы соловецкие и пилами трут кости моя, и всяким оружием раздробляют составы моя. Прикажите свободить монастырь их”. И после того суботу ту уже не говорил ничего, лише тосковал, и пены изо рта пущал. Да сидя в креслах и умер. А до мучения тово, что ему было, видение видял страшно зело. Да одной царице сказал и заповедал никому не сказывать. И о том несть слуху подлинно. А по ево приказу послали было отступить велеть от Соловков-тех. Да на дороге вестник стретил, что уже и тех в животе несть. Ин и ево не стало».
Ранняя смерть царя была воспринята на Руси как Божия кара за гонения и отступничество от древлего православия. Предание говорит о позднем раскаянии царя Алексея Михайловича: заболев, он счёл свою болезнь Божьей карой и решил снять осаду с монастыря, послав своего гонца с вестью об этом. И как раз в день смерти царя у реки Вологды оба гонца встретились: один с радостной вестью о прощении обители, а другой — о её разорении…
Промыслительным образом были наказаны и святотатцы, разорившие Соловецкую обитель. Новый царь, Феодор Алексеевич, расследовав обстоятельства штурма и разграбление монастырских богатств, велел наказать Мещеринова за превышение полномочий и заточить его на тех же Соловках. Предатель же Феоктист, посланный после взятия монастыря приказным старцем в Вологду, повредился умом и ударился в блудную страсть, после чего заболел неизлечимой болезнью и сгнил заживо.
Итак, в ночь на 30 января 1676 года наступило «умертвие» царя Алексея Михайловича, так и не надевшего на своё чело византийского венца, ради которого было пролито столько крови неповинных русских людей. Весьма показательно, что официальная традиция называет днём смерти самодержца не 30-е (как в летописцах XVII века), а 29 января и связывает это событие с днём памяти святого Игнатия Богоносца, а не с воспоминанием Страшного Суда.
Умирая, царь в своём духовном завещании просил прощения у бывшего патриарха Никона: «От отца моего духовного, великого господина, святейшего Никона, иерарха и блаженного пастыря, аще и не есть на престоле своем, Богу тако изволившу, прощения прошу и разрешения» и даже высказывал желание, чтобы тому был возвращён патриарший сан. Характерно, что, узнав о смерти царя, Никон прослезился, но письменного прощения так и не дал.