(Глинчикова). Таких-то вот учителей и справщиков приглашали в Москву Стефан Внифантьев и Фёдор Ртищев. И недаром по Москве поползли слухи: «
Учится у киевлян Федор Ртищев греческой грамоте, а в той грамоте и еретичество есть».Сближала обоих ревнителей благочестия и их ярко выраженная грекофильская ориентация. Ртищев учился «греческой грамоте» у киевских «недобрых старцев», изучал греческий язык и протопоп Стефан, который являлся убеждённым грекофилом. В этом он был единодушен со своим венценосным духовным сыном. Оба они считали необходимым тесное единение Русской Церкви с Греческой, признавая, что греческие патриархи и современные греки строго православны, что у них церковный чин и обряд сохранился в его древнем неискажённом виде и что если он в чём-то несходен с современным русским церковным чином и обрядом, то это лишь потому, что русские церковные книги, чины и обряды подверглись порче и изменению. «Но особенно ярко грекофильство Стефана Вонифатьевича сказалось в той деятельности, какую он и его духовный сын — царь Алексей Михайлович проявили под конец патриаршества Иосифа, а также в избрании и поставлении в патриархи Никона и в деятельной поддержке его грекофильской реформы…» — пишет Н.Ф. Каптерев.
Протопоп Стефан Внифантьев отличался особой преданностью царю, поддерживая его в самые тяжёлые минуты жизни. Во время Соляного бунта 1648 года не столько патриарх и митрополиты, сколько царский духовник вёл с Лобного места переговоры с восставшими. Именно он был тем «калугером», который, по сообщению парижской газеты «La Gazette» от 8 октября 1648 года, «укротил ярость народа своими убеждениями». Со Стефаном советовался царь перед выдачей народу «головою» Плещеева. По свидетельству Жития Иоанна Неронова, Стефан Внифантьев «зело пекийся о спасении души благочестивого царя, млада суща, да не совратится ум его в некая злая», и в то же время «со слезами непрестанно» увещевал бояр-мздоимцев, обличал иерархов на церковном соборе 1649 года, пользовался политическим авторитетом в правительстве. «Поучения и назидания кроткого и миролюбивого царского духовника не только никого не раздражали и не возбуждали против него, но царь и бояре “в сладость послушаше его и любяше всею душею, яко истаго си отца”. Протопоп Аввакум в одном случае замечает, что при царском духовнике Стефане “вся быша тихо и немятежно ради его слез и рыдания и негордаго учения”».
25 декабря 1651 года царским указом протопопу Стефану была дарована «властелинская шапка», по-видимому, наподобие архиерейской, которую в дониконовской Руси имели право носить только епископы. Однако после восшествия Никона на патриарший престол царский духовник сходит с политической сцены. Шведский резидент Иоганн де Родес сообщал своему правительству, что между Стефаном и патриархом произошло серьёзное столкновение. Тем не менее после 1653 года Стефан Внифантьев ни разу не выступил против инициированных царём реформ Церкви, хотя и сожалел о расхождении со старыми друзьями, с которыми по возможности продолжал поддерживать отношения. В 1653 году он основал Зосимо-Савватиевскую пустынь в Москве у Красного холма, где постригся под именем Савватия. По другим сведениям, он постригся в Покровском монастыре