При этом религиозные взгляды Никона менялись в соответствии со стремительно менявшейся «генеральной линией». Если в 1646 году Никон выступает ещё как сторонник древнерусского благочестия, то к 1648 году он уже становится ярым грекофилом. Иоанн Неронов впоследствии не преминёт ему об этом напомнить: «Иноземцев ты законоположение хвалишь и обычаи тех приемлешь, благоверны и благочестнии тех родители нарицаешь, а прежде сего от тебя же слыхали, что многажды ты говаривал: гречане де и Малые Росии потеряли веру и крепости и добрых нравов нет у них, покой де и честь тех прельстила, и своим де нравом работают, а постоянства в них не объявилося и благочестия ни мало».
Завоевав царские симпатии, Никон вскоре занял исключительное положение в Москве. В 1649 году он уже рукоположён в митрополиты Новгородские и Великолуцкие, на одну из крупнейших архиерейских кафедр, — на место ещё живого, отправленного на покой в нарушение церковных правил митрополита Аффония. Скорее всего, патриарх Иосиф был против этого вопиющего поступка, поэтому епископскую хиротонию 11 марта 1649 года в Успенском соборе Кремля совершил сам Иерусалимский патриарх Паисий, находившийся тогда в Москве и всячески расхваливавший Новоспасского архимандрита. При хиротонии Паисий пожаловал Никону право носить мантию «с червлеными источниками».
Обычно удаление человека от двора, от «светлых государевых очей» влечёт за собой ослабление его позиций. Однако с Никоном этого не произошло. «Оказалось, что чем он дальше, тем сильнее его притяжение. Царь нуждался в постоянном общении с “собинным другом”. На станциях — ямах — между Москвой и Новгородом не успевали менять лошадей: столь часты были пересылки между царём и митрополитом. Сам Никон пребывал в постоянном движении, почасту наезжая в Москву. Влияние его возросло настолько, что уже ни одно мало-мальски серьёзное дело не обходилось без его совета и благословения» (Андреев).
Добившись архиерейской власти, Никон принялся за введение новшеств в доверенной ему Новгородской земле. Фактически Новгородская епархия превратилась в «испытательный полигон» реформаторов. Никон единолично вершит суд и расправу на Софийском дворе, а вскоре по царскому повелению начинает рассматривать и уголовные дела, причем жестоко расправляется с новгородцами, попробовавшими жаловаться на него царю. «И тако Никон попущением Божиим седе на престоле премудрости Божии, обладаем же властолюбием, надхненною дияволом гордостию, нача умышляти, еже бы что необычное святому уставу и новое вводити, нача древнее церковное пение презирати»