В народе об Арсении Греке сложилось однозначное мнение: «Волхв, еретик, звездочетец, исполнен скверны и смрада езувитских ересей». Во время мора 1654 года в Москве люди говорили: «Во всём виноват патриарх, держит он ведомого еретика, старца Арсения, дал ему волю, велел ему быть у справки книг печатных, и тот чернец много книг перепортил, ведут нас к конечной погибели; а тот чернец за многие ереси вместо смерти сослан был в Соловецкий монастырь». Деятельность Арсения Грека возбудила ненависть к нему и среди московского духовенства. Так, в 1654 году Иоанн Неронов писал о нём царю из своего заточения: «Отнюдь не дерзати святых книг таковым переводити, ниже вручити, яко же оный лукавый чернец Арсений грек, о нем же патриарх иеросалимский Паисий писал к тебе из Путивля; а ныне он, Арсений, взят к Москве и живет у патриарха Никона в келии, да и его свидетеля врага поставляет, а древних великих мужей и святых чудотворцев свидетельств отметает. Ох! увы! благочестивый царю! стани добр, вонми плачу и молению твоих государевых богомольцев, — иностранных иноков, ересей вводителей, в совет не принимай».
Неронову вторит знаменитый соловецкий инок Епифаний, будущий соузник Аввакума по Пустозёрску: «Грех ради наших попустил Бог на престол патриаршеский наскочити Никону, предотече антихристову, он же, окаянный, вскоре посадил на Печатный двор врага Божия Арьсения, жидовина и грека, еретика, бывшаго у нас в Соловецком монастыре в заточении. И той Арсен, жидовин и грек, быв у нас в Соловках, сам про себя сказал отцу своему духовному Мартирию-священноиноку, что он в трех землях был и трою отрекался Христа, ища мудрости бесовския от врагов Божиих. И с сим Арсением, отметником и со врагом Христовым, Никон, враг же Христов, начаша они, враги Божии, в печатныя книги сеяти плевелы еретическия, проклятыя, и с теми злыми плевелами те книги новыя начаша посылати во всю Русскую землю на плач и на рыдание церквам Божиим, и на погибель душам человеческим».
В ярких апокалипсических образах рисует деятельность Арсения Грека протопоп Аввакум: «И сего еретика Арсения Никон привезши к Москве с собою из Соловецкаго монастыря, царю охвалил и стал ево у себя держать, яко подпазушную змию. Егда же учинился патриархом Никон, нападе на святую церковь, подобен оному зверю, его же Богослов видя восходящ от земля и имяше два рога, подобна агнчим, и глаголаше, яко змий; и область перваго зверя всю творяше пред ним, и творяше землю и вся живущая на ней поклонитися первому зверю, иже из моря исходяща. Кожа его, яко кожа рысья; уста его, яко уста Львова; ноги его, яко ноги медвежьи; зубы его, яко зубы железны; ногти его, яко медяны, раздирая церковныя законы и истневая и попирая вся догматы. И того невернаго раба и врага Божия Арсения приставил к книжной справе на печатной двор. И почали книги казить и всякия плевелы еретическия в книги печатать».