Йог же скорее вообще откажется получать какое-либо знание, чем получать его с причинением ненужных страданий живым существам. Конечно, как и в науке, в йоге встречаются псевдойоги, которые только прикрываются йогой для достижения своих не имеющих отношения к йоге целей. Но в йоге в отличие от науки принципы гуманизма провозглашены и закреплены в самой системе познания и самопознания.
Второе серьезное отличие между наукой и йогой заключается ввыборе точки отсчета в познании. Для ученого это некая внешняя точка отсчета или её иногда называют объективной реальностью. То есть все эксперименты, подтверждающие правильность любой выдвинутой теории, должны давать одинаковый результат относительно внешних наблюдателей. Для йога такой точкой отсчета должно стать «Я» самого йога, ибо только так он может проводить исследования, которые могут растянуться, скажем, на несколько его жизней. Результат должен быть воспроизводим именно при наблюдении с этой точки отсчета. В то же время та часть результата, которая может наблюдаться во вне и быть отслежена другими наблюдателями, должна воспроизводиться, как и у ученых во вне. Таким образом, точка отсчета ученых - это как бы частный случай точки отсчета йоги. Как следствие этой разницы, наука и йога получают разные интерпретации одних и тех же явлений.
Например, в современной науке известны сейчас только четыре вида взаимодействия: сильное, слабое, электромагнитное и гравитационное. Такое явление как сознание ученые склонны объяснять как нечто произведенное этими взаимодействиями. В йоге же считается, что сознание - это самосущее явление, не опирающееся на энергию, но и энергия является порождением некой единой сущности - Праны. И таких различий много.
Правда, знания йоги в своей массе, вероятно, исчезли, а мы имеем в распоряжении лишь его крупицы. Поэтому бывает трудно до конца расшифровать истинный смысл тех или иных положений в йоге. Из-за этого бывают многочисленные ошибки, которые подхватывают и тиражируют средства массовой информации в виде всякого рода «истин последней инстанции» от йогов. Это приносит серьезный ущерб имиджу йоги в глазах серьезных ученых, которые начинают йогу ставить в один ряд с откровенно мракобесными учениями. Хотя тому бедственному положению, в котором находится сейчас йога в связи со своим исчезновением, уже мало что может повредить.
Наконец, не стоит забывать, что то, что мы называем наукой, оформилось всего лишь триста - четыреста лет назад, в то время как учению йоги несколько тысячелетий. Поэтому современные ученые, может быть, просто не успели переоткрыть часть знаний, дошедших с древности в системе взглядов йоги. Это также может служить причиной кажущегося внешнего отличия йоги и науки