В Российском Военно-воздушном флоте в это время происходили важные изменения. Ранее «легкая» авиация состояла из корпусных и армейских авиаотрядов, укомплектованных легкими разведчиками и бомбардировщиками. Теперь в составе каждого корпусного отряда создавалось истребительное отделение, а при каждой полевой армии предполагалось сформировать отдельный истребительный авиаотряд. Приказ о формировании первых истребительных отрядов – 7-го и 12-го – Великий князь Александр Михайлович отдал в начале февраля 1916 г.
Вскоре один из запрошенных (№ 205) поступил в истребительное отделение 33-го корпусного отряда. Его «оседлал» поручик К.К. Вакуловский. Он провел боевое крещение «Сикорского маленького» – 27 марта 1916 г. успешно перехватил немецкий разведчик-«двухвостку» над районом Крейцбург – Кокенхаузен. К сожалению, в следующем же полете Вакуловский был сбит по ошибке русской артиллерией. Он остался жив только благодаря прочной конструкции С-16сер. Три других (№ 201, 202 и 204) были переданы в ставший впоследствии знаменитым 7-й истребительный авиаотряд под командованием поручика И.А.Орлова. Командир облюбовал С-16сер с заводским номером № 204, подпоручик Бычков – № 202, а прапорщик Гильшер – № 201. Два последних (№ 203 и 211) получил 12-й истребительный отряд под командованием подпоручика М.Г. фон Лерхе. Следует отметить, что воздушные бойцы Вакуловский, Орлов, Гильшер и фон Лерхе впоследствии прославились как лучшие русские асы-истребители, и их становление во многом было обязано «Сикорскому-маленькому». Однако история боевого применения С-16 оказалась короткой.
Боевые действия 7-й отряд начал 15 апреля 1916 г. в районе галицийского городка Яблонов. Истребители летали почти ежедневно, иногда поднимаясь в воздух по несколько раз в день. Летали в одиночку и группой. Летчики часто брали в бой летнабов. Стычки с противником происходили практически при каждом вылете. Определить число сбитых аппаратов противника не представляется возможным. Все перехваченные самолеты «опустились» или «ушли со снижением за свои позиции». В русской авиации сбитыми считались только те самолеты противника, факт падения которых на землю мог быть документально засвидетельствован наземными войсками. Первый бесспорный факт уничтожения вражеского самолета был зафиксирован 27 апреля 1916 г. Ю.В. Гильшер сбил австрийский разведчик в районе галицийского местечка Бурканов.
К сожалению, в тот же день Гильшер потерпел арию на своем С-16сер. На основании опыта эксплуатации и анализа причин аварии самолета Гильшера летчиками 7-го истребительного авиаотряда были составлены довольно нелестные для С-16сер отзывы, суть которых сводилась к невозможности использования машин в качестве истребителей. Ссылаясь на них, Августейший заведующий авиацией Великий князь Александр Михайлович запретил применять С-16 в подчиненной ему авиации. Все машины вернули в Эскадру, где претензий к ним не было.