К сожалению, в тот же день Гильшер потерпел арию на своем С-16сер. На основании опыта эксплуатации и анализа причин аварии самолета Гильшера летчиками 7-го истребительного авиаотряда были составлены довольно нелестные для С-16сер отзывы, суть которых сводилась к невозможности использования машин в качестве истребителей. Ссылаясь на них, Августейший заведующий авиацией Великий князь Александр Михайлович запретил применять С-16 в подчиненной ему авиации. Все машины вернули в Эскадру, где претензий к ним не было.
Истребитель С-18бис
«Маленькие» использовались в качестве учебно-тренировочных и связных до самого конца Эскадры. Они зарекомендовали себя не только как живучие и надежные машины, но и как уникальные долгожители. Весной 1919 г. один С-16сер использовался в белогвардейском 1-м Кубанском авиаотряде. Еще один С-16сер оставался в севастопольской авиашколе до 1920 г.
Вернемся же в 1916 год. Потребность Эскадры в «малых аппаратах» постоянно росла. В штат ЭВК должны были входить помимо кораблей легкие самолеты: 12 учебных – в Эскадренную школу и по 4 истребителя, 4 разведчика и 6 тренировочных – в каждый боевой отряд. В связи с этим немедленно по завершении постройки первой серии С-16 20 января 1916 г. Сикорским началась закладка новой серии в пятнадцать аппаратов этого типа (№ 246–260), но их постройка вскоре была приостановлена с целью внесения изменений в конструкцию новых машин на основе опыта эксплуатации ранее построенной серии. Закончили только № 246. Постройка серии возобновилась на «Авиабалте» только осенью 1916 г. Самолеты новой модификации получили обозначение С-16-3. Непосредственное руководство выпуском было возложено на Н.Н. Поликарпова.
Модификация С-16-3 отличалась от прежних усиленной конструкцией, особенно подмоторной рамы, и крыльев. Размах верхнего крыла был немного уменьшен. Изменена силовая схема элеронов. Система питания двигателя обеспечивала выполнение любой фигуры высшего пилотажа, включая перевернутый полет. Для повышения живучести топливные баки разделялись на отсеки. Значительное внимание уделялось улучшению аэродинамики фюзеляжа. За кабиной пилота устанавливался полумонококовый гаргрот. Вооружать С-16-3 предусматривалось как надкрыльевым пулеметом, так и стреляющим сквозь диск винта. Кроме того, предполагалась подвеска малых бомб. В отличие от более ранних модификаций С-16-3 уже изначально разрабатывался как полноценный боевой истребитель.
Контракт между УВВФ и «Авиабалт» на поставку пятнадцати С-16-3 был заключен 4 января 1917 г. Однако сдача истребителей из-за отсутствия необходимых двигателей затянулась. Революционные события захлестнули страну, и построенные С-16-3 до самой гражданской войны оставались на заводе. Потом они (№ 250, 252, 258 и 260) успешно использовались до 1922 г. в качестве учебно-тренировочных и связных в «красном» Дивизионе Воздушных Кораблей. В 1919 г. один С-16-3 (№ 247) эксплуатировался в Московской школе авиации и еще один (№ 248) – в 38-м советском авиаотряде, где использовался для разведки и разбрасывания листовок.