В августе 1917 г. 4-й боевой отряд был переименован в 1-й, 1-й во 2-й, а 4-м стал именоваться запасной отряд на базе в Виннице. Но эти переименования уже не меняли дела. Несмотря на все старания летного состава, боевая активность ЭВК с каждым месяцем падала. 16 сентября 1917 г. состоялся последний боевой вылет в Эскадре. При подходе немцев к Виннице и реальной угрозе захвата «Муромцев» большая часть кораблей была сожжена. Так бесславно закончилась история создания и боевой работы первой в мире Эскадры Воздушных Кораблей. Эскадра была порождением великой страны, ей прочили большое будущее, но наступили трудные времена, и верное дитя вместе с Родиной-матерью разделило ее трагическую судьбу.
В апреле 1918 г. руководство Рабоче-Крестьянского Красного Военного Воздушного Флота решило на базе «Муромцев» создать свое соединение тяжелой авиации – Северную Группу Воздушных Кораблей. Для нее на «Авиабалте» под руководством Ярковского достраивались пять «Муромцев»-Г-3 (№ 239–242 и 245). Именно в это время был поставлен вопрос об использовании «Ильи Муромца» в полярной экспедиции 1919 г. для обеспечения проводки караванов судов по Северному морскому пути – предложения, сделанного в свое время Сикорским. Однако вскоре началась гражданская война, и стало не до экспедиций.
В июне 1918 г. корабли были готовы. В июле Группу переименовали в ЭВК. К осени пять машин были направлены в Липецк для обеспечения Южного фронта. Летали на «Муромцах» немногие бывшие офицеры. В ноябре 1918 г. ЭВК переименовали в Авиагруппу. Эффективность боевого применения Авиагруппы была невероятно низкой. Вскоре ее опять переименовали. Теперь она стала называться Дивизионом Воздушных Кораблей. В 1919 г. Дивизион получил 13 «Муромцев» из оставшего на заводе задела. Это намечавшаяся к сдаче летом 1917 г. последняя серия в 13 ИМ-Г-3бис (№ 274–286). К ее завершению Главное Управление Рабоче-Крестьянского Красного Военно-Воздушного Флота приступило лишь в начале 1919 г. Проведенные по поручению Главвоздухфлота московскими учеными во главе с Н.Е. Жуковским расчеты подтвердили, что подвергать самолеты упрочнениям не обязательно. Краснозвездные «Муромцы» использовались против конницы Мамонтова, летали на бомбежку, разведку, на сбрасывание листовок. Потом часть машин направили на Западный фронт против поляков, а затем Врангеля. 21 ноября 1920 г. был совершен последний боевой вылет.
Весной 1921 г. решением Советского правительства была открыта почтово-пассажирская линия Москва – Харьков. Для ее обслуживания привлекли шесть «Муромцев». Они летали с мая 1921 г. по начало 1922 г. Частота рейсов была невысокой. Последний уцелевший № 285 был передан в школу Воздушной стрельбы и бомбометания в Серпухове, где летал до июля 1922 г.