Несмотря на значительный успех в развитии «Авиабалта» в 1916 г., перед предприятием стояли и большие проблемы. Оно было загружено меньше чем на половину своей мощности, выпуская в 1916 г. в месяц по три «Муромца» и по два малых аппарата, а могло производить по 6 и по 10 соответственно. Тому был ряд причин. В основе их лежала большая зависимость завода от Эскадры. Эта зависимость, сыгравшая на этапе становления Эскадры положительную роль, теперь стала тормозом. Постоянные по требованию Эскадры переделки уже готовых самолетов не позволили заводу наладить стабильное крупносерийное производство определенной модели. Отсюда постоянные срывы графиков поставок, простои оборудования. Навязанное в 1915 г. заводу условие – считать сдачей воздушного корабля его первый боевой вылет – вконец подорвало предприятие. Готовые самолеты вместо приемки на месте, как это делалось на других петроградских авиазаводах, как правило, отправлялись в разобранном виде в Эскадру. Там их по мере возможности мастерских собирали. Нередки были случаи, когда по каким-либо причинам присланные корабли, простояв под открытым небом без должного досмотра и придя в негодность, отсылались обратно на завод. В результате было много путаницы, взаимных упреков, различных неурядиц в оплате.
«Илья Муромец»-Е-2
Все это привело руководство Военного министерства к решению впредь осуществлять приемку готовых самолетов только в Петрограде на общих основаниях: «Заказ «Авиабалту» давать только при условии выпуска крупной серии одинаковых кораблей заранее определенного типа… установить на заводе особый отдел по конструированию и усовершенствованию аэропланов, для того чтобы непрерывная работа по совершенствованию типа больших аппаратов и использованию опыта Эскадры не останавливалась, причем если бы понадобилось, то с денежным воспомоществованием от казны…» Таким образом, правительство России активно поддерживало превращение «Авиабалта» в динамично развивавшуюся структуру с отдельными опытным и серийным производствами.
Такая поддержка позволяла заводу существенно стабилизировать и расширить производство «Муромцев». Было найдено в 1916 г. решение и еще одной специфической для «Авиабалта» проблемы. Дело в том, что территория завода была зажата Большой Невкой, Черной речкой и владениями графов Cтрогановых. Возможности ее расширения были ограниченны. Тем не менее проблема разрешилась. На Корпусном аэродроме вместо старого деревянного ангара, где стоял в свое время «Русский Витязь», «Авиабалт» возвел пять больших ангаров – сборочных цехов. Пригодилось оборудование, эвакуированное из Риги. Руководителем производства на Корпусном аэродроме назначили К.К. Эрганта. На место же заведующего производством на старой территории был приглашен молодой специалист, недавний выпускник ППИ Н.Н. Поликарпов.