Правительство опасалось недовольства рядовых казаков такой политикой и слало на Дон разные комиссии, но не могло избавить казаков от безудержного «лакомства» разбогатевшей верхушки.
Особое недовольство правительства и Екатерины II донская верхушка вызвала тем, что стала укрывать на Дону бегущих из закрепощаемой Украины украинских реестровых казаков. Укрывали, конечно же, не даром – селили на своих землях и закрепощали. Крепостной гнет на Дону был гораздо мягче, чем в Центральной России или на Украине, и поток беглецов на Дон не иссякал.
Степан Ефремов стремился еще больше усилить свою власть на Дону, чем вызвал сильные подозрения в Петербурге. Донскую верхушку стали подозревать в попытках отделиться от России. Ефремова вызвали в Петербург; он под разными предлогами откладывал поездку. Его сподвижники ездили по станицам, подбивая казаков начать мятеж. Прибывший на Дон с проверкой генерал Черепов был арестован на круге как «умышляющий» на жизнь атамана и «выдан Ефремову головой».
Ефремов Черепова велел отпустить и написал в Петербург, что Дон готов восстать, и только он, Степан Ефремов, удерживает казаков от выступления.
Такая двуличная политика атаману не помогла. В 1772 году он был арестован и увезен в Санкт-Петербург. Большая часть казаков за Ефремова не заступилась, так как была недовольна его самовластьем и присвоением себе общих казачьих угодий.
В столице Ефремова приговорили к смертной казни, но Екатерина II помнила об участии атамана в «Петергофском походе» и заменила казнь ссылкой в Перновск.
Этот период для Войска Донского оказался достаточно тяжелым. В 1768 году началась новая война с турками. Донцы выставили 22 тысячи воинов, кроме того, 2 тысячи казаков во главе с А.В. Суворовым сражались в Польше с конфедератами и еще несколько отрядов действовали на Кавказе.
Казаки отличились в сражениях на берегах Дуная. А отряд походного атамана Серебрякова участвовал в покорении Крыма. Казаки вброд перешли залив Сиваш и ударили по туркам с тыла, когда русские войска пошли на штурм перекопских укреплений.
В этом сражении проявил себя молодой Матвей Платов, служивший ординарцем у командующего русской армией князя Долгорукого. В возрасте двадцати лет Платов за свои подвиги был произведен в войсковые старшины и назначен командиром казачьего полка.
И еще один донской герой высветился во время этой войны – Федор Петрович Денисов, командовавший одним из донских полков. Его казаки сравнивали с богатырями древности, а Екатерина II, которой он позже представлялся, назвала его «среброкудрым красавцем». Ф.П. Денисов сделал впоследствии блестящую карьеру и стал первым графом из донских казаков.