В марте 1993 г. по рекомендации Ю.Ковальчука сменил Г.Володченко на посту генерального директора Ассоциации совместных предприятий Санкт-Петербурга (б. ЛенАСП). В это время сблизился с Владимиром Путиным, занимавшим пост председателя Комитета по внешним связям петербургской мэрии. («Профиль», 22 октября 2001).
В январе 1994 года включен в созданный Виктором Зубковым экономический совет при Государственной налоговой инспекции СПб (из 22 человек).
В октябре 1994 г. по рекомендации В.Путина был назначен начальником Северо-Западного центра Федерального управления валютного и экспортного контроля. Занимал этот пост до сентября 1999. В эти годы несколько раз помогал крупным иностранным компаниям («Отис элевейтор», «Ротманс табакко») получать освобождение от уплаты части налогов. («Профиль», 22 октября 2001).
В мае 1995 г. вступил в движение «Наш дом – Россия» (председатель Санкт-Петербургского регионального совета НДР – В.Путин).
С 20 сентября 1999 по январь 2000 – руководитель Федеральной службы России по валютному и экспортному контролю. 12 января 2000 освобожден от должности.
12 января 2000 указом и.о. президента РФ В.Путина был назначен управляющим делами президента РФ.
В соответствии с указом Президента РФ от 9 марта 2004 о структуре федеральных органов исполнительной власти, федеральное агентство «Управление делами Президента Российской Федерации» относится к федеральным службам и ведомствам, руководство деятельностью которых осуществляет Президент.
В январе 2007 г. на встрече с руководством «Известий» высказал мнение, что уже прошли те времена, когда олигархи считали Россию принадлежащей им: «Олигархи в России стали шелковыми и работают на благо страны». («Ведомости», 19 января 2007).
Сохранил свою должность в мае 2008 при новом президенте Дмитрии Медведеве.
На 2010 год – президент Ассоциации зимних олимпийских видов спорта; 5 августа 2010 вошел в новый состав исполкома Олмпийского комитета России (ОКР).
В 1991 году познакомил с Путиным Геннадия Тимченко, с которым был знаком издана («…мы знакомы очень давно, со времен еще даже не Санкт-Петербурга, а Ленинграда, когда и жизнь была другая, и страна другая, и он был другой, и я другой. Поэтому, повторяю, мы знакомы очень давно и у нас существуют личные отношения» – «Коммерсантъ-Online», 20.04.2011).
Сын Игорь – председатель совета директоров «Роскоммунэнерго» (с 2008 года). Дочь Екатерина – топ-менеджер в российском филиале IKEA.
* * *
МИЛЛЕР Алексей Борисович – председатель правления ОАО «Газпром», председатель совета директоров ОАО «Газпром нефть»