С декабря 1995 г. – соучредитель компаниии ООО «РКК» (два других соучредителя: Кирсанов Игорь Владимирович и Князев Андрей Алексеевич; у каждого из троих по 33,3 % уставного капитала).
В феврале 1997 года учредил (совместно с Путырским Владимиром Кирилловичем) Фонд «Международный информационно-аналитический центр» (МИАЦ; руководитель – Туманов Константин Евгеньевич).
В июне 1998 года стал генеральным директором некоммерческого предприятия Фонд «Спортивный клуб дзюдо Явара-Нева», учрежденного совладельцами Группы «Кин-экс» Геннадием Тимченко и Андреем Катковым.
Осенью 1999 года познакомился с бизнесменом (торговцем водкой) Сергеем Зивенко и, в свою очередь, познакомил Зивенко с руководителем Службы безопасности Путина Виктором Золотовым. «Зивенко вместе с Ротенбергом основал две торговые фирмы, офисы которых находятся на самой известной в Москве улице – на Новом Арбате» («Шпигель», № 19,2001 г. – «Независимая Газета», 6 июля 2001).
В мае 2000 г. способствовал назначению С.Зивенко на пост гендиректора «Росспиртпрома» (по версии журнала «Шпигель», – через В.Золотова, по версии сайта «Компромат. ру», – через А.Гордеева; в 2002 году С.Зивенко потерял этот пост – по мнению Юлии Латыниной, был ««съеден» людьми Патрушева» – «Новая газета» от 7 октября 2002).
В начале 2000 г. А.Ротенберг вошел в совет директоров санкт-петербургской компании «Талион» (девелоперский, игровой, гостиничный, ресторанный бизнес), который возглавляет Александр Ебралидзе, имеющий репутацию авторитетного предпринимателя – два срока за разбойное нападение и хулиганство – SmartMoney, 16 (106) 12 мая 2008). Официально А.Ротенберг доли в компании «Талион» не имеет (там же).
В 2001 году вместе с братом Борисом создал банк «Северный морской путь» (СМП-банк), в котором возглавил совет директоров.
В сентябре 2003 года пролоббировал (как считается, через А.Гордеева) назначение на пост руководителя Госкомрыболовство Александра Тугушева (летом 2004 г. Тугушев был арестован по обвинению в коррупции, в феврале 2007 г. осужден на 7 лет).
В 2003–2004 гг. в союзе с А.Гордеевым и руководителями российского спорта – председателем Олимпийского комитета России (ОКР) Леонидом Тягачевым и председателем Госкомспорта Вячеславом Фетисовым – провел успешную операцию по перехвату контроля над российским структурами дзюдо у президента Федерации союза дзюдо России (ФДР) Владимира Шестакова (NB: не путать с Василием Шестаковым).
Для этого весной 2003 г. А.Ротенберг организовал на базе петербурского и московского клубов «Явара-Нева» параллельную федерации Шестакова общероссийскую структуру – Национальный союз дзюдо (НСД), президентом которого стал А.Гордеев, а председателем Высшего совета – сам Ротенберг.