Основная задача возглавляемого Котляром ГВИУ и подчиненных ему органов состояла в обеспечении Красной Армии общей инженерной поддержкой. Сюда входили рекомендации боевым частям касательно применения инженерных войск, организация и проведение подготовки личного состава инженерных войск, подготовка возможных театров военных действий (ТВД), возведение оборонительных рубежей и позиций, обеспечение поставок инженерной техники в полевые войска Красной Армии, ее обслуживание и ремонт.
ГВИУ подразделялось на три управления. Первое отвечало за инженерно-боевую подготовку личного состава, минирование, разминирование и маскировку; второе – за все оборонительные сооружения, строительную подготовку личного состава, за создание и использование укрепленных районов; третье, названное Управлением военно-инженерного снабжения и заказов, разрабатывало инженерное вооружение и технику и распределяло их по полевым войскам Красной Армии.24 Кроме того, в 1940 году был создан совещательный орган под названием Технический совет, который действовал под председательством начальника ГВИУ, обеспечивая ГВИУ рекомендациями и технической помощью. Военно-инженерная инспекция в составе ГВИУ работала в тесном сотрудничестве с Главной инспекцией Красной Армии, проверяя качество инженерной подготовки личного состава. Первым сталинским генерал-инспектором инженерных войск стал генерал-майор М. П. Воробьев.
Подобно другим главным управлениям, ГВИУ тесно сотрудничало с начальниками инженерных управлений в военных округах и начальниками инженерных отделов и секторов на других уровнях Красной Армии от корпуса до полка. Кроме того, начальники инженерных войск в военных округах и их управления также отвечали за действия отдельных структур, занятых оборонительным строительством и материально-техническим обеспечением.
В первые несколько месяцев войны эта структура ГВИУ показала себя весьма несовершенной. Из-за отсутствия каких-либо средств управления инженерными войсками в бою или ведения инженерной разведки, инженерная поддержка действующих фронтов и армий в начальный период войны совершенно не отвечала встававшим перед ней требованиям. И что еще хуже, как и в случае с артиллерией, решение НКО в первые же дни войны упразднить пост начальника инженерных войск военного округа оказалось ошибочным и усугубило и без того тяжелое положение с инженерной поддержкой. К осени 1941 года НКО осознал, что не сможет справиться с этими серьезными трудностями без фундаментальной реорганизации всей командной структуры инженерных войск.