Исключая подчиненные ей структуры ВНОС, ПВО страны в июне 1941 года включала в себя 13 зон ПВО, три корпуса ПВО, две дивизии ПВО, девять отдельных бригад ПВО, 28 отдельных зенитно-артиллерийских полков, 109 зенитно-артиллерийских дивизионов и другие части меньшей численности.48 Вместе с силами ВНОС войска ПВО имели 182 000 человек, 3329 зенитных орудий среднего калибра и 330 орудий малого калибра, 650 зенитных пулеметов, 1500 зенитных прожекторов, 850 заградительных аэростатов и до 45 станций обнаружения. Эти силы поддерживались 40 полками истребительной авиации, оснащенными примерно полутора тысячами боевых самолетов.49
Хотя реорганизация 1941 года и в самом деле повысила общую эффективность системы ПВО и облегчила управление ею, проблемы с управлением, постоянная нехватка техники и оборудования, а также серьезные сложности с подготовкой личного состава продолжали оставаться проблемой ПВО страны и связанных с ней войск ВНОС накануне войны и особенно после начала войны.
Эти проблемы стали очевидными сразу же после вторжения немцев. Прежде всего, поскольку зоны ПВО подчинялись командующим фронтами, было невозможно маневрировать войсками ПВО для обеспечения необходимой противовоздушной обороны районов, подвергающихся наибольшей угрозе. И что еще хуже – воздушные силы ПВО и их самолеты подчинялись как командующим фронтами, так и командующим зонами ПВО. Эта двойственность управления еще больше усложнялась начатой Сталиным ненужной перетряской командной структуры ПВО страны, когда он распорядился арестовать ее командующего, генерала Штерна, заменив его Вороновым, а затем менее чем через месяц заменив и Воронова.50 Из-за этих и других проблем и практического крушения системы противовоздушной обороны на западе Советского Союза ГКО на протяжении всей немецкой операции «Барбаросса» сосредотачивал войска и вооружения ПВО страны для защиты наиболее важных районов, включая Ленинград, Москву, промышленные районы Ярославля и Горького, Донбасс и ключевые мосты через Волгу.51
9 ноября 1941 года ГКО наконец-то разрешил наиболее серьезные проблемы ПВО страны, издав постановление о реорганизации всей системы противовоздушной обороны. Этим постановлением учреждался пост командующего войсками ПВО страны. Им стал генерал-майор М. С. Громадин, одновременно получивший ранг заместителя наркома обороны, в его распоряжение был предоставлен военный совет, укомплектованный штаб и новое Управление командующего войсками ПВО страны или УКВПВО страны [68] , включавшее в себя подчиненные отдельные управления истребительной авиацией ПВО и зенитно-артиллерийскими войсками. Но самое важное – этот указ также подчинял Громадину все войска ПВО в военных округах и действующих фронтах (за исключением действующих в Ленинградской области).52