В организационном плане этот указ расформировывал зоны ПВО в европейской части СССР, заменив их корпусными районами ПВО в Москве и Ленинграде и 13 дивизионными районами ПВО, разбросанными по всей стране, но сохранял зоны ПВО в Закавказье, Средней Азии, Сибири и на Дальнем Востоке.53 Вскоре после этого, 24 ноября 1941 года, ГКО повысил оперативную действенность ПВО страны, разделив войска противовоздушной обороны – главным образом зенитные – на две части: ПВО страны, отвечавшее за противовоздушную оборону страны, и войска ПВО, отвечающие за противовоздушную оборону в полевых войсках Красной Армии.
В 1942 году ГКО и НКО продолжали совершенствовать и усиливать организацию ПВО страны, подчинив 22 января командующему ПВО страны все корпуса, дивизии и полки истребительной авиации, активно занятые защитой ключевых объектов по всей стране.54 Вдобавок к централизации и улучшению управления ПВО страны эта мера также стимулировала лучшее взаимодействие между различными оборонительными системами ПВО. Вскоре после этого НКО придал корпусам, дивизиям и отдельным полкам истребительной авиации, входящим в ПВО страны, 56 батальонов аэродромного обслуживания. В результате к 1 апреля 1942 года зенитные войска ПВО страны состояли из двух корпусов ПВО, двух дивизий ПВО и двух бригад ПВО, а также одного корпусного района ПВО, 15 дивизионных районов и 14 бригадных районов. В то же самое время воздушные силы ПВО страны состояли из трех корпусов истребительной авиации, 13 дивизий истребительной авиации и девяти отдельных полков истребительной авиации ПВО.55 Наконец, 5 апреля 1942 года ГКО увеличил численность соединений ПВО страны, преобразовав Московский корпусной район ПВО в Московский фронт ПВО, Ленинградский и Бакинский корпусные районы – в армии ПВО, а несколько других дивизионных районов ПВО – в полные корпусные районы ПВО.56
В 1942 года ГКО также начал заменять солдат-мужчин военнослужащими-женщинами – с целью создания резерва, необходимого для укомплектования боевых соединений на фронте. Например, 25 марта 1942 года постановление ГКО обязывало НКО мобилизовать к 10 апреля 1942 года 100 000 военнослужащих-женщин, «девушек-комсомолок», для службы в рядах ПВО страны.57 В это число входило и 45 000 женщин, направленных служить в зенитно-артиллерийские войска в качестве наблюдателей за воздухом, радисток, телефонисток, дальномерщиц и прибористок, 3000 направленных в зенитно-пулеметные войска в качестве наблюдательниц, пулеметчиц и связисток, 7000 направленных в зенитно-прожекторные части связистками и прожектористками, 5000 направленных в части аэростатов воздушного заграждения в качестве связисток и обслуги аэростатов и 40 000 направленных служить во ВНОС наблюдателями и телефонистками.