Громадная добыча усилила влияние Цезаря. Кроме того, в галльских походах он создал сильную и преданную ему армию. Все это вызвало опасения Помпея, который начал сближаться с врагами Цезаря, возглавляемыми Катоном. Триумвират дал трещину еще в середине 50-х годов до н. э. В 54 г. состоялся раздел провинций: Помпеи получил Испанию, а Красс — Сирию и право вести войну с восточным соперником Рима — Парфией. В 53 г. в битве при Каррах римляне потерпели сокрушительное поражение. Красс погиб в бою. Триумвират распался.
В 50 г. до н. э. Помпеи начинает склонять сенат к решению о досрочном прекращении наместничества Цезаря в Галлии. 1 января 49 г. сенат принимает соответствующую резолюцию, игнорируя интерцессию народных трибунов Марка Антония и Квинта Кассия. Это послужило для Цезаря предлогом к началу гражданской войны.
Гражданская война 49–45 гг. до н. э. Диктатура Цезаря
В начале января 49 г. до н. э. Цезарь перешел р. Рубикон (По преданию, переходя через Рубикон, Цезарь сказал: «Жребий брошен». Название Рубикона вошло в поговорку для обозначения важного бесповоротного решения) и стремительным броском овладел Северной Италией. Помпеи и его сторонники бежали из Рима, даже не успев захватить государственную казну. Значительная часть войск Помпея капитулировала под Корфинием, сам Помпеи с пятью легионами отступил в Брундизий, откуда затем эвакуировался в Грецию. В июле — августе 49 г. Цезарь двинулся в Испанию, где стояли семь легионов Помпея, и заставил их сдаться. В следующем, 48 г. Цезарь переправился в Грецию. После длительных военных действий и неудачного боя под Диррахием он разгромил Помпея в решающей битве при Фарсале (в Фессалии). Помпеи бежал в Египет, но власти Египта даже не дали ему высадиться; он был убит в лодке, когда плыл к берегу.
Преследуя Помпея, Цезарь с небольшим отрядом прибыл в Александрию, где вмешался в династическую борьбу между молодым царем Птолемеем XII и его сестрой Клеопатрой. После опасной и затяжной войны Цезарь одержал победу над Птолемеем и посадил на престол Клеопатру.
За время отсутствия Цезаря положение изменилось не в его пользу. Помпеянцы собрали большие силы в Африке, где их поддержал царь Нумидии Юба. Сын Митридата Фарнак, воспользовавшись гражданской войной в Риме, стал захватывать утраченные ранее области. Против него двинулся Цезарь. В августе 47 г. до н. э. Фарнак был разбит. Вскоре после этого Цезарю удалось прекратить волнения в Риме. В конце 47 г. он переправился в Африку, а 6 августа 46 г. армия помпеянпев была уничтожена в битве при Тапсе. В Африке погибли все лидеры антицезарианской партии, в том числе Катон Младший и Юба. В 45 г. состоялось последнее сражение этой войны: при Мунде, в Испании, были разгромлены сыновья Помпея; старший из них, Гней, пал в бою, младшему, Сексту, удалось бежать.