Одной из неотложных задач было спасение станичных архивов. Их беспрепятственно губили или мыши, или пожары, или нерадение станичных администраций. По этим причинам редко где сохранялись архивы со времени основания станиц. К разбору архивов станичные правления относились формально, составляя описи без учета исторического значения документов. Так, например, станичное правление ст. Пшехской в 1897 г. из архива с документами за период 1863–1880 гг. оставило только четыре дела — с копиями приказов и циркуляров по войску, а остальные 757 дел, характеризующих жизнь станицы со дня ее основания («О переселенцах для водворения в станицу», «О станичной школе», «Об иногородних» и т. д.), отправило на аукционный торг, как бумагу. Фунт исторических документов продавался по копейке, и за списанные дела Пшехского станичного правления в доход войска поступило 3 рубля 70 копеек. Станица осталась без своей истории. Подобная ситуация была типичной, при ревизии станиц их архивы обнаруживались «в самом плачевном виде».
В 1905 г. И. И. Кияшко возбудил ходатайство о концентрации станичных архивов в одном месте и о присылке их описей для рассмотрения в войсковой архив. Но тогдашнее руководство войскового штаба встретило этот проект «несочувственно». Впоследствии, уже после революции, в одной из своих докладных записок о проблемах архива И. И. Кияшко писал, что нахождение архива в ведении и финансировании войскового штаба «не было благоприятно для самого архива, так как у штаба были свои задачи, а у архива другие, и последние были всегда в загоне… Нужды архива не принимались почти никем во внимание, помещений было недостаточно, имевшиеся три сарая для хранения дел забиты до отказа, штат служащих был маленький и еле — еле мог выполнять текущую работу по выдаче всевозможного рода справок, на архивную же работу не хватало ни рук, ни времени».
Тем не менее войсковой архивариус продолжал свои хлопоты о станичных архивах и в 1908 г. благодаря родственным отношениям с новым начальником штаба генерал — майором А. И. Кияшко сумел решить этот вопрос положительно. 26 апреля 1908 г. по Кубанскому казачьему войску был издан приказ 186 о передаче в войсковой архив по описям всех архивных дел станичных и хуторских правлений Кубанской области, пересмотре этих дел в архиве и оставлении на вечное хранение всех дел, «имеющих для будущего времени интерес в военно — историческом и бытовом отношении».
Для новых поступлений архиву передавалось одно из зданий войсковой больницы и выделялись суммы на устройство в нем стеллажей.