Тем самым христианские мыслители вступили на путь, приведший их к так называемой схоластике. Так как христианство стремилось овладеть жизнью человека во всей ее полноте, оно должно было гарантировать удовлетворение потребностей познание в такой же мере, как и потребностей воли и сердца. Но тогдашнее познание представляло из себя тот шедевр ясности, логики и гармонии, который именовался греческой философией. Перейти от веры к знанию значило, таким образом, соединиться с этой философией. Истина не может противоречить истине: один и тот же Бог, совершенный и правдолюбивый, является источником и естественного просвещение и таинственного откровения. Поэтому истинная философия и истинная религия в сущности представляют одно и то же.
Этот взгляд Скота Эригена является однако слишком общим и неопределенным. Как по своим источникам, так и по своим задачам философия и религия не совпадают между собой. Примирение между философией и теологией не подлежит спору, но каждая остается в своей области. За философией остается познание вещей, сотворенных Богом, и тех сторон божественной природы, которые могут быть выведены из рассмотрение его творений; за теологией — познание сущности и внутренней жизни божества. Разум и вера разделяют между собой область бытия таким же способом, как папа и император разделяют между собою власть в человеческом обществе. Они ни в коем случае не равны по достоинству: разум и вера образуют феодальную и аристотелевскую иерархию, в которой низший обязан выполнять долг верноподданного по отношению к высшему, а высший гарантирует безопасность и права низшего. Философия доказывает то, что изрекает вера. С своей стороны благодать не разрушает природы и разума, но осуществляет во всей полноте заложенные в них потенции.
Этот договор между философией и теологией предполагает. взаимное признание его.
Из греческой философии культивировалось по преимуществу то, что можно было утилизировать в интересах развития христианской догматики: такова онтология, которую рассматривали также и как естественную теологию. В Аристотелевской логике, этой математике доказательств, искали теории познаваемости, и в этих видах придали ей исключительно формальный характер, которого она лишена была у самого Аристотеля.
С другой стороны религия была подвергнута методическому приспособлению. То, что в евангелии являлось как по существу своему неисповедимое духовное начало, как любовь, единение душ, жизнь внутренняя, не сводимая к словам и формулам, должно было приспособиться к схоластическим требованиям познаваемости, уместиться в рамки строгих определений, расположиться в длинные цепи силлогизмов, преобразоваться в абстрактную и законченную систему понятий.