В помощь Преображенскому приказу он образовал судебную коллегию из бояр. Она давала советы главному судье и выносила решения по тем делам, которые он считал нужным поручить коллегии.
Пётр начинает коренную ломку всего старого строя. Боярская оппозиция растёт. Страсти разгораются. Пётр становится всё подозрительнее и в каждом, даже пустячном, пьяном слове готов видеть крамолу, проявление непокорства и стремление сделать ему наперекор. За каждой нелепой выходкой какого-нибудь пьяного мужика или солдата он чувствует влияние бояр, сторонников старины. В ноябре 1702 года выходит царский указ: «Буде впредь на Москве и в Московский судный приказ каких чинов ни будь люди или из городов воеводы и приказные люди, а из монастырей власти присылать, а помещики и вотчинники приводить людей своих и крестьян будут, а те люди и крестьяне учнут за собой сказывать „государево слово и дело“, – и тех людей в Московском судном приказе не расспрашивая, присылать в Преображенский приказ к стольнику ко князю Фёдору Юрьевичу Ромодановскому. Да и в городах воеводам и приказным людям таких людей, которые учнут за собою сказывать „государево слово и дело“, присылать к Москве, не расспрашивая».
Этим указом Пётр, подчёркивая сугубую важность дел о государственных преступлениях требованием передавать все дела подобного рода в руки старого испытанного слуги Фёдора Ромодановского, положил начало стремлению изъять эти дела из порядка общей подсудности и создать для производства их какую-то исключительную обстановку, окружив их строгой тайной.
Стремление Петра, выраженное в указе 1702 года, было зерном, из которого шестнадцать лет спустя выросло новое государственное учреждение в России – Тайная канцелярия. Учреждение, одно название которого заставляло содрогаться современников и оставляло неприглядную память в потомках.
После указа прошло пятнадцать лет. Возникло дело несчастного царевича Алексея Петровича 31 января 1718 года царевич воротился из-за границы в Россию, и на другой же день было начато следствие по обвинению его в измене и умысле против царя-отца. По воле Петра следствие бь1ло поручено, главным образом, Петру Андреевичу Толстому, потратившему немало усилий, хитрости и изворотливости, чтобы выманить царевича из-за границы и убедить его вернуться в Россию, и ведшему в Москве розыски по этому делу Андрею Ивановичу Ушакову. В помощь им были назначены капитан-поручик Григорий Григорьевич Скорняков-Писарев, которому указом поручено было произвести обыск и арест в Суздале бывшей царицы Евдокии и её предполагаемых единомышленников, и Иван Иванович Бутурлин.