Понтийский флот пересек Черноморские проливы и вошел в Эгейское море. Только Родос, защищеный своими крепкими стенами и военными судами, успешно сопротивлялся. Митридат заключил союз с пиратами, которых в Восточном Средиземноморье в конце II века до н. э. было великое множество и главные базы которых находились на Крите и особенно на южном побережье Анатолии, в прекрасно защищенных и трудно достижимых по суше бухтах Киликии и на севере Кипра. Эти эскадры разбойничали в Эгейском море, на берегах Греции и доплывали до Ливии; они совершали рейды даже на такие прибрежные полисы, как Береника в Киренаике (Бенгази), где в одной недавно обнаруженной надписи упоминаются их опустошительные набеги вскоре после смерти Птолемея Апиона (96). Эти грабежи, помимо другой добычи, позволяли в большом количестве поставлять рабов на процветавшие невольничьи рынки, например на Делосе. В 102 году до н. э. Рим предпринял попытку обуздать эту губительную для морской торговли деятельность, но без особых успехов, так же как безрезультатным остался призыв, обращенный чуть позже к лагидской и селевкидской монархиям, присоединиться к этой борьбе, хотя текст его был высечен в Дельфах. Впрочем, островам Эгейского моря пришлось пострадать от набегов понтийского флота: Делос был разграблен, а италики, которых много находилось на острове, все были убиты. Зато остров Кос сдался без сопротивления, и Митридат пленил трех лагидских царевичей, среди которых были будущие Птолемей XI и Птолемей XIII. Он принял их при своем дворе и женил на своих родственницах, продемонстрировав тем самым свое стремление уравнять Понтийское царство с великими эллинистическими государствами.
В том же 88 году до н. э. войска Митридата еще раз пересекли Черноморские проливы и проникли в Европу, заняв сначала Фракию, затем римскую провинцию Македонию, потом Фессалию, и получили поддержку Афин, вдохновляемых философом Аристионом, Беотии, Ахайи и Лакедемона. Здесь Митридата также воспринимали как спасителя эллинизма, освободителя от римского гнета. Казалось, что на обоих побережьях Эгейского моря возрождается империя Лисимаха, способная объединить под единой властью Малую Азию, Фракию, Македонию и Элладу.
Эти стремительные успехи застали Рим врасплох, тем более что Республика переживала переломный этап Союзнической войны, которую она развернула против своих италийских соседей и последние волнения которой еще не улеглись. Кроме того, разногласия между партией популяров, которую возглавлял Марий, и сенатской партией оптиматов мешали принятию правительственных решений. Вести из Азии вызвали финансовую панику, и консул Сулла, приняв ряд мер для восстановления внутреннего порядка, отбыл на Восток, чтобы вести войну против Митридата. В 87 году до н. э. он высадился в Эпире с пятью легионами, разбил стратега Архелая, командовавшего войсками Понта, и осадил Афины. Город защищался несколько месяцев, но 1 мая 86 года до н. э. был взят штурмом: хотя Сулла собирался «помиловать живых ради мертвых», то есть пощадить мятежных афинян из уважения к их славному прошлому, он крайне жестоко обошелся с населением, о чем все еще с возмущением писал Павсаний полтора века спустя. Пирей был сожжен, многие общественные здания и частные дома разграблены. Две армии, собранные в Македонии и Фракии Архелаем, успевшим бежать из Афин, прежде чем они пали, одна за другой потерпели поражение в Беотии. Европейская Греция в конце 86 года до н. э. снова оказалась подчинена римской власти. В это время квестор Суллы, знаменитый Лукулл, объезжал Восточное Средиземноморье от Киренаики до Кипра через Египет и Сирию, чтобы собрать там военный флот. Именно это дало возможность киренеянам восстановить свои институты. У Птолемея IX, который опасался за своих сыновей, находившихся в плену у Митридата, Лукулл не нашел поддержки. И тем не менее он собрал достаточно кораблей, чтобы составить эскадру, которая с помощью родосских судов могла вести войну в Эгейском море.