Оставив в Экбатанах половину армии под началом Пармениона, Александр форсированным маршем с немногочисленным войском устремился в Гирканию. В пути он узнал, что Дарий был низложен Бессом и сатрапами, которые собирались дать отпор захватчику. Чуть позже разведчики обнаружат тело Дария, которого сатрапы убили и бросили при отступлении. Александр окажет ему царские почести и объявит себя его наследником и мстителем за него. С тех пор наряду с традиционным македонским церемониалом, очень простым и непомпезным, для своих новых азиатских подданных Александр ввел пышный ритуал и сложные правила ахеменидского придворного этикета. Он считал себя одновременно и правителем Македонии, и наследником Великого царя. Азиаты охотнее подчинились этим требованиям, чем македоняне и греки, которых такая двойная позиция оскорбляла. Мы вскоре увидим, к чему это привело.
Бесс, укрывшийся в своей сатрапии Бактрии, в свою очередь провозгласил себя Великим царем под именем Артаксеркса. Александр выступил против него, но измена сатрапа Арейи (западного региона Афганистана), притворявшегося его союзником, заставила царя изменить свои планы: отложив на некоторое время захват Бактрии, Александр повернул на юг и занял Дрангиану в районе реки Гельманд и ее озер. Тут он принял твердое решение, казавшееся ему необходимым для продолжения кампании: Парменион, старый, заслуженный военачальник, которому Александр долгое время безоговорочно доверял и под командованием которого в Экбатанах находилась половина армии, выступал против продолжения походов и продвижения еще дальше вглубь Азии. Царь решил избавиться от него, сделав назидание другим. Он воспользовался неосмотрительностью Филота, сына Пармениона, который командовал элитным корпусом гетайров и сопровождал Александра. Против царя был раскрыт заговор — вымышленный или действительно существовавший, — и было доказано, что Филот знал о нем и не предупредил царя. Представший перед собравшимся войском, согласно старому македонскому обычаю, он был объявлен виновным, предан пыткам и казнен. От него добились признаний о причастности его отца к заговору. Александр тут же отправил в Экбатаны приказ расправиться с Парменионом. Когда войска, бывшие в подчинении Пармениона, воссоединились с корпусом Александра в Дрангиане, командование над ними принял македонянин Кратер. Два близких друга царя, Гефестион и Клит Черный, разделили командование над гетайрами после гибели Филота. Среди офицеров, назначенных на ключевые должности в этой критической ситуации, были также Птолемей и Пердикка, игравшие отныне важные роли.