В 328 году до н. э. были проведены различные операции, направленные на поддержание порядка: как против набегов степных кочевников, так и против очагов сопротивления, которые нужно было погасить по разным регионам Согдианы. В перерывах между этими кампаниями Александр развлекался охотой и традиционными для греков длинными ночными трапезами с их непринужденными беседами. Во время такого пьяного пиршества один из его самых любимых друзей, Клит Черный, разгоряченный вином, стал задирать царя оскорбительными речами, обвиняя его в установлении новых порядков, которые не понравились бы его отцу. Александр, поначалу, сохранявший хладнокровие, в конце концов не сдержался, выхватил у стражника копье и, поскольку Клит, несмотря на попытки товарищей его остановить, продолжал произносить дерзкие слова, пронзил его одним ударом. Это проявление гнева, чем бы он ни оправдывался, сильно потрясло царя, и он впал в глубокую меланхолию, отказывался несколько дней от еды и винил себя в убийстве друга, который спас ему жизнь в битве при Гранике. Ему потребовалось несколько недель, чтобы преодолеть этот духовный кризис.
В этом ему помогли проблемы завоеванных территорий, требовавшие его вмешательства для отражения новых нападений и подавления последних мятежных крепостей. Александр уже захватил несколько орлиных гнезд в горах Согдианы: в разгар зимы, в январе 327 года до н. э., он отправился в новый поход против одной из этих крепостей, расположенной на почти неприступной скале и занятой войском местного князя Оксиарта, который укрывал там свою семью. Македоняне взобрались на гору, утопавшую в снегу, и крепости пришлось сдаться. Среди захваченных в плен была дочь Оксиарта — Роксана. Из политических соображений, а также, возможно, влюбившись, Александр решил взять ее в жены: этот брак не только сулил присоединение мятежных вельмож, он показывал желание завоевателя сохранить равный баланс между македонянами и азиатами как на службе государства, так и при раздаче царских милостей. Это было наглядно продемонстрировано Александром, когда он назначил сатрапом крупной провинции Мидии перса Атропата, который исполнял эту же должность при Дарии.
Эти назначения вызывали ревность в среде македонян. Они также не одобряли новых этикетных правил, в частности введения проскинесы, или падения ниц, принятого при дворе Ахеменидов, которое Александр хотел сохранить как выражение почтения к его собственной персоне. Некоторые греки из царского окружения, среди которых был философ Анаксарх, благосклонно отнеслись к принятию этого обычая, хотя он сильно противоречил македонской традиции и греческому менталитету, для которого падение ниц было возможно лишь как знак почитания бога. Племянник Аристотеля Каллисфен, который вел летопись правления Александра и до тех пор проявлял себя его ревностным слугой и поклонником, не стал скрывать своего неприятия проскинесы, и его мнение открыто поддерживали многие македоняне. Царь, приняв во внимание это настроение, столь распространенное среди его соотечественников, отказался от попыток навязать им обычай, который был так для них противен. Но он затаил злобу на Каллисфена, и когда в скором времени среди нескольких юношей из царской свиты был обнаружен зреющий заговор (который называют заговором пажей), Каллисфен, неосторожно произносивший резкие слова против тирании, способные вызвать подозрение у царя, был причислен к заговорщикам и казнен вместе с ними. Философская школа Аристотеля, так называемых перипатетиков, не простила Александру смерти своего представителя и всячески демонстрировала неприязнь к нему, так что Плутарх несколько веков спустя все еще считал необходимым опровергать это мнение.